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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qqw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative lyase (Reut_B4148) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.44 A resolution | ||||||
要素 | Putative citrate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / TIM BETA/ALPHA-BARREL / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ralstonia eutropha (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a Hypothetical lyase (Reut_B4148) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.44 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qqw.cif.gz | 655.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qqw.ent.gz | 564 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qqw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3qqw_validation.pdf.gz | 480.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3qqw_full_validation.pdf.gz | 498.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3qqw_validation.xml.gz | 60.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3qqw_validation.cif.gz | 84.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/3qqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/3qqw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36542.934 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 株: JMP134 / LMG 1197 / 遺伝子: Reut_B4148 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46TN2 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % 解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R MERGE, COMPLETENESS AND 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.93 | 詳細: 1.00M lithium chloride, 20.100% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES pH 5.93, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97916 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.44→29.793 Å / Num. obs: 74753 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.127 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.44→29.793 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9343 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9198 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. CHLORIDE (CL) FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION HAS BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTERS LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED AGAINST THE SAD PHASES.
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原子変位パラメータ | Biso max: 159.5 Å2 / Biso mean: 57.5643 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→29.793 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.44→2.5 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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