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万見
- PDB-3qqt: Amphiphilic nanotubes in the crystal structure of a biosurfactant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqt
タイトルAmphiphilic nanotubes in the crystal structure of a biosurfactant protein hydrophobin HFBII
要素Hydrophobin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Surface active protein / amphiphile (両親媒性分子)
機能・相同性
機能・相同性情報


spore wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cerato-ulmin hydrophobin family / Fungal hydrophobin / hfbii hydrophobin / Hydrophobin / Hydrophobin superfamily / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trichoderma reesei (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kallio, J.M. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2011
タイトル: Amphiphilic nanotubes in the crystal structure of a biosurfactant protein hydrophobin HFBII.
著者: Kallio, J.M. / Rouvinen, J.
履歴
登録2011年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9586
ポリマ－14,4032
非ポリマー5554
水1,65792
1
A: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83024
ポリマ－57,6128
非ポリマー2,21816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_665x+1,-y+1,-z1
Buried area10950 Å2
ΔGint-251 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
2
A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子

A: Hydrophobin-2
B: Hydrophobin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,83024
ポリマ－57,6128
非ポリマー2,21816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.052, 91.359, 94.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-89-

HOH

21A-90-

HOH

31B-112-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hydrophobin-2 / / Hydrophobin II / HFBII


分子量: 7201.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trichoderma reesei (菌類) / 参照: UniProt: P79073
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SDS / DODECYL SULFATE / 硫酸ドデシル / ラウリル硫酸ナトリウム


分子量: 266.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O4S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% polyethylene glycol MW 2000, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, Stock solution of polystyrene nanospheres, diameter 50 nm, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111), horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 27834 / Num. obs: 27376 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
解像度 (Å)% possible all
1.9-2.296.4
2.2-2.599.3
2.5-2.899.6
2.8-399.9
3-499.8
4-599.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSpackageデータスケーリング
CCP4モデル構築
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSpackageデータ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R2M

1r2m


解像度: 1.9→19.22 Å / σ(F): 1.43 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2633 1391 5.08 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
obs0.2138 14601 98.47 %-
all-27834 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.691 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3499 Å20 Å20 Å2
2--1.3333 Å2-0 Å2
3---1.0166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数972 0 32 92 1096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2271384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.34358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.97990.30651450.29022808X-RAY DIFFRACTION91
1.9799-2.06990.30251470.26392849X-RAY DIFFRACTION94
2.0699-2.17890.32811540.24962892X-RAY DIFFRACTION94
2.1789-2.31520.29291490.24962888X-RAY DIFFRACTION94
2.3152-2.49360.31081510.25462881X-RAY DIFFRACTION94
2.4936-2.74390.28091530.23982920X-RAY DIFFRACTION95
2.7439-3.13950.24941560.23472937X-RAY DIFFRACTION95
3.1395-3.94960.2271450.1752894X-RAY DIFFRACTION95
3.9496-19.10070.22181500.15222926X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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