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万見
- PDB-3qqc: Crystal structure of archaeal Spt4/5 bound to the RNAP clamp domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqc
タイトルCrystal structure of archaeal Spt4/5 bound to the RNAP clamp domain
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A''
  • DNA-directed RNA polymerase, subunit e''
  • Transcription antitermination protein nusG
キーワードTRANSCRIPTION / fusion protein / chimera protein / multiprotein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase II activity / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosome / structural constituent of ribosome ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA polymerase II activity / translation elongation factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / ribosome / structural constituent of ribosome / mRNA binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #90 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / NusG, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger ...Rubrerythrin, domain 2 - #90 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, archaeal / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / NusG, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Rubrerythrin, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Single Sheet / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor Spt5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / Transcription elongation factor Spt4
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Molecular Replacement with SAD / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Martinez-Rucobo, F.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Architecture of the RNA polymerase-Spt4/5 complex and basis of universal transcription processivity.
著者: Martinez-Rucobo, F.W. / Sainsbury, S. / Cheung, A.C. / Cramer, P.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Chain A is a fusion protein of three peptides. First peptide is DNA-directed RNA polymerase subunit ...Chain A is a fusion protein of three peptides. First peptide is DNA-directed RNA polymerase subunit b (residues 2-64 in this entry corresponding to UNP Q8U0M3 residues 1053-1115) which is linked (via two GLY GLY linker residues) to DNA-directed RNA polymerase subunit a' (residues 67-382 in this entry corresponding to UNP Q8U0M4 residues 3-318) which is then linked (via nine linker residues: GLY ALA GLY SER GLY ALA GLY SER GLY) to DNA-directed RNA polymerase subunit A'' (residues 392-429 in this entry corresponding to UNP Q8U0M5 residues 334-371).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A''
D: Transcription antitermination protein nusG
E: DNA-directed RNA polymerase, subunit e''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7387
ポリマ－74,4763
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.570, 107.040, 51.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit b, DNA-directed RNA polymerase subunit a', DNA-directed RNA polymerase subunit A''


分子量: 49409.867 Da / 分子数: 1
断片: DNA-directed RNA polymerase subunit B (residues 1053-1115), DNA-directed RNA polymerase subunit A' (residues 3-318), DNA-directed RNA polymerase subunit A'' (residues 334-371)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1563 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U0M3, UniProt: Q8U0M4, UniProt: Q8U0M5
#2: タンパク質 Transcription antitermination protein nusG


分子量: 18100.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZK1
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit e''


分子量: 6965.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0255 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U440
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M sodium/potassium phosphate, 0.15 M guanidinium hydrochloride, 0.2 M sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.2783 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50.7 Å / Num. all: 13603 / Num. obs: 13603 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 92.3 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1965 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Molecular Replacement with SAD
開始モデル: PDB Entry 1Y1W

1y1w


解像度: 3.3→50.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9259 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The model was subdivided into five groups for TLS refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 674 4.96 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.195 13601 --
obs0.195 13601 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 131.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.1219 Å20 Å2-1.1948 Å2
2--1.0587 Å20 Å2
3---12.0632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.82 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4183 0 4 0 4187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0142612
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3757442
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15462
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1042
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6005
X-RAY DIFFRACTIONt_it426120
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5605
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance151
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact50134
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 136 4.89 %
Rwork0.216 2646 -
all0.2191 2782 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.584-0.83870.72052.581-0.12523.34250.37440.3199-0.6703-0.23390.04870.2841-0.0158-0.2399-0.4231-0.07710.1780.0383-0.03440.0157-0.3312-24.695819.7-10.8523
24.7701-1.3331-3.341.7285-2.3183.14360.0076-1.18780.13290.50960.1787-0.1134-0.7229-0.2644-0.18630.10350.08610.08160.2285-0.0023-0.3243-17.580425.256410.7407
314.96160.6583-0.50910.1844-3.5897-0.35890.15880.5253-0.5918-0.17610.24420.343-0.38160.1625-0.4030.11430.2262-0.08310.09960.042-0.3121-6.325323.4059-2.9949
410.9571.67591.449312.5932-0.101913.03260.01771.38530.5284-1.110.24791.5071-0.381-0.2734-0.2656-0.5510.0494-0.3398-0.01960.37610.3044-51.163728.7204-29.839
55.03871.81622.442613.33640.41080.56730.1201-0.08610.01150.15430.03711.1890.484-0.8067-0.1573-0.67110.1304-0.1740.46790.21710.5797-67.986629.838-24.3479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|67 - 371 }A67 - 371
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|2 - 64 }A2 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|407 - 436 }A407 - 436
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D4 - 85
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E3 - 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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