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万見
- PDB-3qps: Crystal structures of CmeR-bile acid complexes from Campylobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qps
タイトルCrystal structures of CmeR-bile acid complexes from Campylobacter jejuni
要素CmeR
キーワードTRANSCRIPTION / Alpha-helical / Helix-Turn-Helix / DNA-binding / Transcription regulation / Transcription repressor / drug binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLIC ACID / CmeR
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Lei, H.T. / Routh, M.D. / Shen, Z. / Su, C.C. / Zhang, Q. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Crystal structures of CmeR-bile acid complexes from Campylobacter jejuni.
著者: Lei, H.T. / Shen, Z. / Surana, P. / Routh, M.D. / Su, C.C. / Zhang, Q. / Yu, E.W.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CmeR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5002
ポリマ－25,0921
非ポリマー4091
水90150
1
A: CmeR
ヘテロ分子

A: CmeR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0014
ポリマ－50,1842
非ポリマー8172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.955, 37.370, 57.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 CmeR / Transcriptional repressor


分子量: 25091.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: cmeR, CmeR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8P6
#2: 化合物 ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 30 % PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, 0.16M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 16126 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.35-2.433.20.42116180.709199.2
2.43-2.533.20.29216280.69198.8
2.53-2.653.20.23416240.762199.2
2.65-2.793.20.17715950.766198.7
2.79-2.963.20.12616300.931199.1
2.96-3.193.10.08916221.179199.3
3.19-3.513.10.07116321.518199.2
3.51-4.023.10.05216161.839198.4
4.02-5.063.10.03615831.642196.6
5.06-403.30.02715781.321195.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2QCO

2qco


解像度: 2.351→31.381 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8014 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 397 4.79 %
Rwork0.2007 --
obs0.2038 8288 92.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.491 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 93.48 Å2 / Biso mean: 43.2424 Å2 / Biso min: 15.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4438 Å20 Å20 Å2
2--1.7024 Å2-0 Å2
3---0.7414 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.351→31.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 29 50 1728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3772366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.357666

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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