PDB-3qpi: Crystal Structure of Dimeric Chlorite Dismutases from Nitrobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qpi

タイトル

Crystal Structure of Dimeric Chlorite Dismutases from Nitrobacter winogradskyi

要素

Chlorite Dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Oxygen / Chlorite O(2)-lyase / cytoplasma / chlorite

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nitrobacter winogradskyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mlynek, G. / Sjoeblom, B. / Kostan, J. / Fuereder, S. / Maixner, F. / Furtmueller, P.G. / Obinger, O. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Unexpected diversity of chlorite dismutases: a catalytically efficient dimeric enzyme from Nitrobacter winogradskyi.
著者: Mlynek, G. / Sjoblom, B. / Kostan, J. / Fureder, S. / Maixner, F. / Gysel, K. / Furtmuller, P.G. / Obinger, C. / Wagner, M. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K.

履歴

登録	2011年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qpi.cif.gz	157.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qpi.ent.gz	125.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qpi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qpi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3qpi_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	3qpi_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/3qpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lbf-3 5zab-8 5a0g-1 4fot-d 4qbk-d 5c00-4 5k7r-d 6dow-d 1uhk-1 5teb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite Dismutase

B: Chlorite Dismutase

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chlorite Dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chlorite Dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.620, 102.620, 49.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

詳細

AUTHORS HAVE CONFIRMED THE BIOLOGICAL UNIT BY PERFORMING SIZE EXCLUSION COLUMN

#1: タンパク質	Chlorite Dismutase 分子量: 21244.025 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-183 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrobacter winogradskyi (バクテリア) 株: Nb-255 / ATCC 25391 / 遺伝子: Nwi_2442 / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER (DE3) / 参照: UniProt: Q3SPU6, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 53.6 mM Na2HPO4, 846.4 mM NaH2PO4, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.278 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射	モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator Si(111) プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.278 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.9 Å / Num. obs: 30125 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
AutoSol		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→45.893 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 6.84 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	1506	5 %
R_work	0.1933	-	-
obs	0.1956	30125	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0129 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.0129 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.2794 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2730	0	86	282	3098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.337	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.247	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1002-2.1752	0.3711	149	0.3581	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1752-2.2623	0.302	149	0.2799	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2623-2.3653	0.2561	148	0.2308	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3653-2.49	0.2385	153	0.2133	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.646	0.2671	147	0.193	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.646-2.8502	0.2561	148	0.1786	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8502-3.137	0.2541	149	0.1873	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.5908	0.2333	149	0.1659	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5908-4.5234	0.1773	158	0.1479	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5234-45.904	0.2293	156	0.1861	2962	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0175	0.0186	-0.0175	0.0264	0.0069	0.2162	0.0111	0.0236	0.0136	-0.0566	-0.0092	-0.0227	0.0161	0.026	0.2019	0.1299	0.0086	-0.0148	0.2249	0.0829	0.0203	11.7862	62.7324	12.3672
2	2.5216	0.1837	-0.4178	0.7392	-0.634	1.6349	-0.0506	0.2513	-0.1478	-0.1859	0.0866	0.1675	0.3001	-0.1868	0.0093	0.2105	-0.031	0.0495	0.2301	-0.0061	0.5464	11.6796	58.6263	10.411
3	0.5979	-0.1879	0.6187	3.648	-4.6852	6.2621	0.1817	0.1454	0.0852	-0.1658	0.2748	0.2951	0.1894	-0.2357	-0.3725	0.1658	0.0176	0.0351	0.2088	-0.005	0.5408	10.9796	52.7529	15.5203
4	1.0739	-0.1128	0.3348	1.2627	-0.9861	0.843	0.0531	-0.0393	-0.0099	0.1036	-0.1728	-0.2119	-0.0434	0.0506	0.1236	0.1421	-0.0171	-0.0091	0.1913	0.0008	0.5259	21.7072	52.8144	27.5571
5	5.5502	1.636	-0.5315	2.3548	1.0459	2.9796	-0.0828	-0.2729	-0.1425	0.0257	-0.1781	-0.1219	-0.0896	0.1748	0.1737	0.1922	-0.0739	-0.0699	0.2535	0.0897	0.5715	29.8325	56.1266	31.6354
6	1.0999	0.175	-0.2392	1.3642	-0.1152	1.085	0.0664	-0.039	0.0179	0.1351	-0.0504	-0.1001	-0.0448	0.1141	-0.0213	0.1356	-0.0124	-0.0043	0.175	0.0083	0.5195	18.6216	59.8221	22.338
7	1.5471	0.099	0.4059	0.4222	-0.1271	0.7479	-0.0809	0.0472	-0.0708	0.0271	-0.1491	-0.1189	0.0517	0.1009	0.1579	0.1516	-0.0038	0.0388	0.2273	0.034	0.6085	25.6173	58.4313	18.0104
8	2.4979	-2.0047	-0.0711	1.6268	0.37	5.4856	0.2924	0.0595	-0.4223	-0.011	-0.0771	0.1778	0.4002	-0.3737	-0.1737	0.6223	-0.0075	-0.1899	0.33	-0.0772	0.4964	2.8579	27.6735	13.2079
9	0.9163	0.0937	-0.6244	1.9477	0.1441	1.132	-0.0132	0.2489	-0.2372	-0.5262	-0.0013	0.3872	0.2593	-0.3054	-0.0383	0.367	-0.0472	-0.0932	0.2728	-0.1143	0.6273	0.5626	24.6943	19.6504
10	3.4773	2.4731	0.4545	1.7733	0.455	1.3344	-0.1172	-0.0723	0.2631	-0.3367	-0.1625	0.1963	0.0745	-0.1012	0.2536	0.2316	-0.0093	-0.0229	0.1764	-0.0412	0.6541	13.6541	34.4032	22.5562
11	1.0073	0.1117	-0.1478	0.4989	-0.6514	0.8513	0.0171	0.1904	-0.1683	-0.3573	-0.1565	-0.0995	0.2552	0.0275	0.1173	0.2452	0.0479	-0.0409	0.1564	-0.0704	0.4129	15.938	26.1531	25.8194
12	0.5043	-0.4097	-0.5964	2.0113	-0.4005	3.7377	-0.181	-0.1088	0.0524	0.2471	0.1094	-0.1252	-0.3031	0.0527	0.048	0.1851	-0.0077	-0.0629	0.2445	-0.0421	0.4058	18.4562	37.6741	38.621
13	0.4018	0.1315	-0.0838	1.2438	0.3055	1.078	0.0579	0.0163	-0.1861	-0.3862	-0.0389	-0.0376	0.145	0.0805	-0.005	0.237	0.0152	0.0013	0.151	-0.0483	0.4917	13.4152	26.1274	25.7113
14	1.1294	-0.2339	-0.0719	0.8504	-0.0968	1.0073	-0.0633	-0.1385	-0.0913	0.1487	-0.0353	-0.013	0.118	0.0468	-0.189	0.2109	0.0099	-0.0019	0.1887	0.0137	0.001	8.1056	23.9499	32.4724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 23:40)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 41:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 60:109)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 110:120)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 121:157)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 158:182)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 2:12)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 13:40)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 41:64)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 65:97)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 98:113)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 114:151)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 152:182)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)