[日本語] English
万見
- PDB-3qp3: Crystal structure of titin domain M4, tetragonal form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qp3
タイトルCrystal structure of titin domain M4, tetragonal form
要素Titin
キーワードTRANSFERASE / I-set Ig-like / sarcomere / M-band
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / protein kinase A signaling / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Sauer, F. / Kolodziejczyk, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of titin domain M4, tetragonal form
著者: Sauer, F. / Kolodziejczyk, A. / Wilmanns, M.
履歴
登録2011年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Titin
B: Titin
C: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,32210
ポリマ－34,6493
非ポリマー6727
水5,242291
1
A: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0306
ポリマ－11,5501
非ポリマー4805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6462
ポリマ－11,5501
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6462
ポリマ－11,5501
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.494, 63.494, 151.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 11549.802 Da / 分子数: 3 / 断片: domain M4 (UNP RESIDUES 33294-33395) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pETM-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star pRARE2
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2M Na-citrate pH 4.0, 1.2M (NH4)2SO4, 0.3M MgSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→48.6 Å / Num. all: 21811 / Num. obs: 21724 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.997→2.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3012 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→48.597 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2127 1100 5.08 %thin shells
Rwork0.177 ---
obs0.1789 21659 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.569 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8907 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8907 Å2-0 Å2
3---1.7814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→48.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2264 0 35 291 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0443273
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.554832
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073373
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004420
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.997-2.08790.21941100.1985248798
2.0879-2.1980.22451650.18142501100
2.198-2.33570.22541100.17722554100
2.3357-2.51610.24081650.19282520100
2.5161-2.76920.2371100.18022594100
2.7692-3.16990.22661650.18052550100
3.1699-3.99340.19461100.1582655100
3.9934-48.61160.18971650.179269898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03730.7165-0.72212.3775-0.23831.6439-0.0375-0.0641-0.65560.1618-0.0193-0.259-0.08390.45140.1780.0816-0.09360.02270.21120.01410.301715.64963.8339.8351
22.19591.41910.08441.2023-0.60551.5306-0.16540.54790.73120.19950.08440.1432-0.45250.31060.05440.238-0.07090.01760.13560.07980.2504-0.445316.03842.5739
32.8866-1.2970.40633.01370.36020.295-0.15430.1384-0.12120.1993-0.0593-0.0586-0.0720.04410.28710.1705-0.01470.02060.0961-0.0350.19995.37854.763914.7963
46.0541-1.7354-1.49090.98530.92420.92220.0040.6414-0.50990.0445-0.09950.10440.1623-0.20370.12260.1372-0.02180.02790.09110.00190.1343-2.23644.80657.4602
54.9112-0.92862.65040.7619-1.30182.5306-0.299-0.05650.52620.39980.1634-0.0083-0.5544-0.02860.19930.1546-0.0222-0.00590.01020.00410.19192.425313.357612.0912
61.16920.7267-0.00471.9080.33310.45940.0688-0.05770.03490.2079-0.03880.12780.0235-0.0439-0.02740.1032-0.01790.03290.057-0.00670.0844-28.575215.696221.0806
73.4731-1.1381.33271.9518-0.04950.61440.06970.49690.1086-0.0219-0.1284-0.02150.11010.15320.02170.1169-0.00820.01150.0930.00240.0462-26.26212.757815.5376
81.10791.7999-0.535.5035-1.35820.3899-0.22490.33690.3441-1.49960.09330.15040.30430.36080.17410.4412-0.0188-0.08140.24630.07930.1749-21.72769.127-5.4391
90.21080.0609-0.06860.4219-0.420.66320.22820.18250.0196-0.31620.06360.38960.1152-0.0318-0.27540.2608-0.0342-0.14520.08660.0240.2179-28.7708-12.39335.2784
101.16730.66270.28312.8006-0.89140.5250.0230.14540.1208-0.3520.03070.09560.17410.1089-0.06050.15830.00340.00750.06720.02480.0733-20.38654.44574.7898
110.77070.2084-0.60952.8637-1.0021.03930.08360.1095-0.0811-0.3828-0.1297-0.61530.40130.5933-0.05080.20420.01830.00160.16360.0140.1091-16.2011-3.93876.2044
122.0265-0.85380.24060.5077-0.44031.06120.10150.09710.0463-0.17520.04390.31480.0289-0.0904-0.10250.1119-0.0144-0.0150.04710.00420.0786-26.18530.06557.3397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 5:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:31)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 32:49)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 50:67)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 68:99)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 4:72)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 73:99)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 4:15)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 16:27)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 28:49)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 50:67)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 68:99)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る