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- PDB-3qof: Crystal structure of the cytosolic domain of human atlastin-1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qof
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of human atlastin-1 in complex with GDP, orthorhombic form
要素Atlastin-1
キーワードHYDROLASE / GTPase / homotypic fusion / fusion of ER membranes / GDP / GTP / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / Golgi cis cisterna membrane / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...endoplasmic reticulum tubular network membrane / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / Golgi cis cisterna membrane / GTPase-dependent fusogenic activity / endoplasmic reticulum tubular network / endoplasmic reticulum membrane fusion / endoplasmic reticulum organization / axonogenesis / protein homooligomerization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / axon / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AHSP / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold ...AHSP / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Atlastin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Liu, X.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structures of the atlastin GTPase provide insight into homotypic fusion of endoplasmic reticulum membranes.
著者: Bian, X. / Klemm, R.W. / Liu, T.Y. / Zhang, M. / Sun, S. / Sui, X. / Liu, X. / Rapoport, T.A. / Hu, J.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atlastin-1
B: Atlastin-1
C: Atlastin-1
D: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,74412
ポリマ－210,8744
非ポリマー1,8708
水2,270126
1
A: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1863
ポリマ－52,7191
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1863
ポリマ－52,7191
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1863
ポリマ－52,7191
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Atlastin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1863
ポリマ－52,7191
非ポリマー4682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.742, 133.445, 176.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Atlastin-1 / Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide- ...Brain-specific GTP-binding protein / GTP-binding protein 3 / GBP-3 / hGBP3 / Guanine nucleotide-binding protein 3 / Spastic paraplegia 3 protein A


分子量: 52718.609 Da / 分子数: 4 / 断片: atlastin ecto-domain (UNP RESIDUES 18-447) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATL1, GBP3, SPG3A / プラスミド: pet30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8WXF7, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1M Tris-HCl, pH8.3, 25%(w/v) PEG 3350, 0.1M (NH4)2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.751 Å / Num. all: 61398 / Num. obs: 60656 / % possible obs: 98.79 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.8-2.966.30.3013.676740.30191.6
2.96-3.156.90.2876.988630.28798.8
3.15-3.427.10.15115.493560.151100
3.42-3.977.40.08221.7104830.082100
3.97-4.797.80.07625.8111870.076100
4.79-507.60.05334.6120630.05399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QNU

3qnu


解像度: 2.802→40 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2668 3074 5.07 %random
Rwork0.2253 ---
all0.241 60793 --
obs0.2274 60656 98.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.413 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2373 Å2-0 Å20 Å2
2---17.1156 Å2-0 Å2
3---25.3528 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.04 Å0.032 Å
Luzzati d res low-7 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12332 0 116 126 12574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812707
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31417243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.0334500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052192
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8021-2.84590.38441010.274322120.013221283
2.8459-2.89250.34191460.264424460.012244695
2.8925-2.94240.31941440.248825720.012257298
2.9424-2.99590.31191370.246226100.0132610100
2.9959-3.05350.35041560.250125880.0112588100
3.0535-3.11580.36391320.249726130.0122613100
3.1158-3.18350.30411280.257626300.0122630100
3.1835-3.25760.30931240.254726580.0112658100
3.2576-3.3390.31371690.249625690.0112569100
3.339-3.42930.32581350.248126100.0122610100
3.4293-3.53020.30871320.24626480.0132648100
3.5302-3.64410.27461570.227126190.012619100
3.6441-3.77430.25411330.219826410.0132641100
3.7743-3.92530.29041340.213526500.0122650100
3.9253-4.10390.25421430.207626320.0122632100
4.1039-4.32010.21821530.183426380.0122638100
4.3201-4.59060.21481620.170326450.0132645100
4.5906-4.94470.19891490.170126490.0122649100
4.9447-5.44180.21661380.19126810.0112681100
5.4418-6.22780.24161310.206727100.0112710100
6.2278-7.84110.23541200.223427530.0122753100
7.8411-48.75840.21711500.201928080.013280899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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