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万見
- PDB-3qo7: Crystal structure of the seryl-tRNA synthetase from Candida albicans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qo7
タイトルCrystal structure of the seryl-tRNA synthetase from Candida albicans
要素Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / class-II aminoacyl-tRNA synthetase family / Type-1 seryl-tRNA synthetase subfamily / aminoacyl-tRNA synthetase / tRNA / serine / amino acid biosynthesis / CTG-clade / codon ambiguity / pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / tRNA binding / cytoplasmic translation / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Rocha, R. / Santos, M.A. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Unveiling the structural basis for translational ambiguity tolerance in a human fungal pathogen.
著者: Rocha, R. / Pereira, P.J. / Santos, M.A. / Macedo-Ribeiro, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the seryl-tRNA synthetase from Candida albicans.
著者: Rocha, R. / Barbosa Pereira, P.J. / Santos, M.A. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月24日Group: Database references
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32011年9月14日Group: Database references
改定 1.42014年9月10日Group: Database references
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1902
ポリマ－55,6831
非ポリマー5071
水1,04558
1
A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3804
ポリマ－111,3662
非ポリマー1,0142
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area6040 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.152, 91.152, 275.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Seryl-tRNA synthetase, cytoplasmic / Serine--tRNA ligase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 55682.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: SES1, CaO19.7901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HGT6, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 3.2-3.4 M ammonium sulfate, 0-2% v/v glycerol, 100 mM MES/sodium, pH 5.6-5.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→79.1 Å / Num. all: 23155 / Num. obs: 23155 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DQ0

2dq0


解像度: 2.55→45.973 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 1105 4.86 %
Rwork0.1776 --
obs0.1795 22755 98.64 %
all-22755 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.834 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6087 Å20 Å2-0 Å2
2--7.6087 Å20 Å2
3----15.2174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→45.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3552 0 31 58 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3034983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2061419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082527
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5501-2.66610.31971160.24552549X-RAY DIFFRACTION95
2.6661-2.80670.25261300.22742588X-RAY DIFFRACTION97
2.8067-2.98250.26441270.20442662X-RAY DIFFRACTION99
2.9825-3.21270.25231570.18972651X-RAY DIFFRACTION99
3.2127-3.53590.2271430.17452695X-RAY DIFFRACTION99
3.5359-4.04730.21971260.15672740X-RAY DIFFRACTION100
4.0473-5.09810.18051470.13852797X-RAY DIFFRACTION100
5.0981-45.98060.1861590.19192968X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34170.55280.12770.2761-0.10920.6961-0.1081-0.0225-0.195-0.03830.0647-0.1664-0.12140.4945-0.07050.25510.0887-0.02540.4331-0.10560.339422.3574-31.81227.3733
21.2951-1.42080.85770.403-0.39490.55530.04390.31960.0963-0.0378-0.0335-0.07150.15850.1619-0.04080.38760.0167-0.02290.2756-0.03520.3135-20.5524-26.55360.897
30.9768-0.56210.15471.0706-0.03121.44750.14130.10810.0223-0.1139-0.0763-0.0845-0.04760.2524-0.0770.2155-0.01840.03660.221-0.04830.2391-17.6246-18.676919.6705
40.92650.07940.05250.0731-0.12341.03030.15490.1002-0.1005-0.1327-0.01490.00440.32010.0127-0.11320.29150.0489-0.0380.1596-0.06070.2163-22.4306-27.598610.4499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:101)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 102:162)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 163:297)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 298:452)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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