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- PDB-3qnm: Haloalkane Dehalogenase Family Member from Bacteroides thetaiotao... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnm
タイトルHaloalkane Dehalogenase Family Member from Bacteroides thetaiotaomicron of Unknown Function
要素Haloacid dehalogenase-like hydrolase
キーワードStructural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-nucleotidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, YjjG/PynA / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, YjjG/PynA / : / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Haloacid dehalogenase-like hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Matthew, M.W. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Sauder, J.M. / Poulter, C.D. / Burley, S.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Haloalkane Dehalogenase Family Member from Bacteroides thetaiotaomicron of Unknown Function
著者: Matthew, M.W. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Sauder, J.M. / Poulter, C.D. / Burley, S.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2011年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9184
ポリマ－28,8231
非ポリマー953
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.850, 51.190, 123.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 28822.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_2271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A5G8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein 12.35 mg/m, 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT Precipitant, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 200 mM Magnesium Chloride hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: Protein 12.35 mg/m, 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT Precipitant, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3350, 200 mM Magnesium Chloride hexahydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 29690 / Num. obs: 29690 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 18.84 Å2 / Rsym value: 0.77 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3872 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→35.159 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1490 5.08 %Random 5%
Rwork0.1664 ---
all0.1681 29310 --
obs0.1681 29310 95.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.076 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9362 Å20 Å20 Å2
2--2.4329 Å20 Å2
3----0.4967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 3 226 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2272727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.625746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.76080.24411280.21472326X-RAY DIFFRACTION81
1.7608-1.83130.24871300.20642580X-RAY DIFFRACTION91
1.8313-1.91460.21831270.17422724X-RAY DIFFRACTION94
1.9146-2.01550.22091550.16042754X-RAY DIFFRACTION96
2.0155-2.14180.21961690.16022817X-RAY DIFFRACTION98
2.1418-2.30710.20321510.15532842X-RAY DIFFRACTION99
2.3071-2.53930.18131500.15912855X-RAY DIFFRACTION99
2.5393-2.90650.21871690.17242898X-RAY DIFFRACTION99
2.9065-3.66130.1811530.16622949X-RAY DIFFRACTION100
3.6613-35.16620.18941580.16133075X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4885-0.3617-0.15180.42210.00580.63670.0133-0.05130.1168-0.0198-0.02130.00080.0424-0.21850.02620.1042-0.0055-0.00480.10230.01570.115241.124934.748679.3244
21.79680.1514-0.21441.17260.19181.2903-0.03910.0903-0.10190.12150.00910.06230.1659-0.06050.02870.1184-0.00620.01450.14950.00270.103121.226424.161967.6798
30.51010.0655-0.21390.13790.03750.5002-0.0320.23320.0026-0.0141-0.0110.0580.0256-0.0060.02950.1153-0.0057-0.00270.15050.01020.095545.096231.866374.3051
40.46170.1155-0.35350.59090.27711.39070.02250.05130.05320.0314-0.02310.0261-0.0354-0.0538-0.00390.0990.00470.00310.05630.00640.114639.011233.997188.1196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:20)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 21:102)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 103:151)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 152:231)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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