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- PDB-3qmx: X-ray crystal structure of Synechocystis sp. PCC 6803 Glutaredoxin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmx
タイトルX-ray crystal structure of Synechocystis sp. PCC 6803 Glutaredoxin A
要素Glutaredoxin A
キーワードELECTRON TRANSPORT / glutaredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione disulfide oxidoreductase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin, GrxC / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Glutaredoxin, GrxC / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable glutaredoxin ssr2061
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.822 Å
データ登録者Sutton, R.B. / Knaff, D.B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Redox, mutagenic and structural studies of the glutaredoxin/arsenate reductase couple from the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Kim, S.G. / Chung, J.S. / Sutton, R.B. / Lee, J.S. / Lopez-Maury, L. / Lee, S.Y. / Florencio, F.J. / Lin, T. / Zabet-Moghaddam, M. / Wood, M.J. / Nayak, K. / Madem, V. / Tripathy, J.N. / Kim, S.K. / Knaff, D.B.
履歴
登録2011年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2143
ポリマ－11,0211
非ポリマー1922
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.278, 39.124, 50.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glutaredoxin A / Glutaredoxin 3


分子量: 11021.490 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: ATCC 27184 / PCC 6803 / N-1 / 遺伝子: ssr2061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73492
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1% PEG 4000, 0.1M HEPES, 1.25M Ammonium Sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.822→30.06 Å / Num. all: 6614 / Num. obs: 6614 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3grx

3grx


解像度: 1.822→30.06 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 648 9.83 %random
Rwork0.1633 ---
obs0.1664 6592 93.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.789 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9532 Å20 Å2-0 Å2
2--5.1289 Å2-0 Å2
3----1.1757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.822→30.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数770 0 10 74 854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9521090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.909293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003143
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8222-1.96290.23381180.18881088X-RAY DIFFRACTION87
1.9629-2.16030.22021340.15371231X-RAY DIFFRACTION100
2.1603-2.47280.18151300.15041077X-RAY DIFFRACTION86
2.4728-3.1150.20161340.16121267X-RAY DIFFRACTION100
3.115-30.06390.17951320.16721281X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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