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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qmv | ||||||
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タイトル | RedJ-Thioesterase from the Prodiginine biosynthetic pathway in Streptomyces coelicolor | ||||||
![]() | Thioesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha/Beta hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whicher, J.R. / Smith, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of the RedJ Protein, a Thioesterase from the Prodiginine Biosynthetic Pathway in Streptomyces coelicolor. 著者: Whicher, J.R. / Florova, G. / Sydor, P.K. / Singh, R. / Alhamadsheh, M. / Challis, G.L. / Reynolds, K.A. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31298.678 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 6-261 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SCO5894, SC3F7.14 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O54157, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 12% PEG2000, 0.7 M sodium chloride, 2 mM DTT, 0.1 M HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→50 Å / Num. all: 57967 / Num. obs: 57954 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.42 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.117→2.172 Å / Total num. of bins used: 20
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