PDB-3qmq: Crystal Structure of E. coli LsrG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qmq

タイトル

Crystal Structure of E. coli LsrG

要素

Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

キーワード

ISOMERASE / AI-2 modifying protein

機能・相同性

機能・相同性情報

(4S)-4-hydroxy-5-phosphooxypentane-2,3-dione isomerase / intramolecular oxidoreductase activity, interconverting aldoses and ketoses / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Miller, S.T. / Russell, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Processing the Interspecies Quorum-sensing Signal Autoinducer-2 (AI-2): CHARACTERIZATION OF PHOSPHO-(S)-4,5-DIHYDROXY-2,3-PENTANEDIONE ISOMERIZATION BY LsrG PROTEIN.
著者: Marques, J.C. / Lamosa, P. / Russell, C. / Ventura, R. / Maycock, C. / Semmelhack, M.F. / Miller, S.T. / Xavier, K.B.

履歴

登録	2011年2月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qmq.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qmq.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qmq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qmq_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qmq_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	3qmq_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	3qmq_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gffS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ufi-d 6r2h-2 3lo3-14 3lo3-3 1vaj-d 5qsk-d 4i86-d 4txq-1 3lo3-13 3lo3-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

B: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

C: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

D: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

46.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

D: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

C: Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.643, 83.397, 63.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG 分子量: 11547.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 / 遺伝子: G2583_1883, lsrG / プラスミド: pProEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3QT67
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.65 M NaCitrate, pH 6.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 42888 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Χ²: 1.269 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	3.6	0.42	4284	0.504	1	99.8
1.86-1.94	3.7	0.332	4285	0.727	1	99.8
1.94-2.03	3.7	0.282	4270	0.962	1	99.8
2.03-2.13	3.7	0.243	4256	1.091	1	99.8
2.13-2.27	3.7	0.206	4285	1.272	1	99.7
2.27-2.44	3.7	0.183	4278	1.391	1	99.8
2.44-2.69	3.7	0.163	4294	1.504	1	99.8
2.69-3.08	3.7	0.142	4291	1.653	1	99.8
3.08-3.88	3.6	0.11	4299	1.76	1	99.5
3.88-50	3.7	0.086	4346	1.824	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 51.1

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	33.58 Å
Translation	2.5 Å	33.58 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.3	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry code 2GFF

2gff

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.294 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2429	2165	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2042	-	-	-
obs	0.2063	42865	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.05 Å² / B_iso mean: 23.609 Å² / B_iso min: 8.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	-0 Å²	0.3 Å²
2-	-	-0.7 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3220	0	0	288	3508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.969	1.952	4442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.782	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.912	24.318	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.444	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.847	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.29	1.5	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.131	2	3182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.539	3	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.637	4.5	1260

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	149	-
R_work	0.281	2881	-
all	-	3030	-
obs	-	-	95.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3886	0.223	0.2314	0.6122	0.2225	1.5128	0.0054	-0.0528	-0.0367	-0.0447	0.0007	-0.0243	0.1731	-0.0457	-0.0062	0.0288	-0.0071	0.0002	0.0106	0.0073	0.01	-9.5182	-4.7975	-28.1369
2	0.3868	-0.1838	-0.269	0.8519	0.1978	0.8562	0.0404	0.0333	0.0729	0.0358	0.0242	-0.0351	-0.0285	-0.0267	-0.0647	0.0127	0.0003	0.0085	0.0134	0.0051	0.0143	-8.5007	-19.769	-3.3763
3	1.1667	0.1385	-0.1965	0.2191	0.1098	0.657	-0.0219	0.0095	0.0449	0.0569	0.028	0.0002	0.1013	0.0428	-0.0061	0.0245	0.0091	-0.0034	0.0165	0.0115	0.0136	8.7079	-32.5924	-9.0103
4	1.2997	0.181	0.2149	0.1384	-0.0231	0.683	-0.0149	-0.0521	-0.058	-0.0595	0.0087	0.0027	-0.1065	0.0713	0.0062	0.0614	-0.0149	-0.0046	0.0367	0.0158	0.0103	7.4262	7.8428	-22.5922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	97 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	97 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 96
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	97 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-2 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	97 - 287

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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