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- PDB-3qmf: Crystal strucuture of an inositol monophosphatase family protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qmf
タイトルCrystal strucuture of an inositol monophosphatase family protein (SAS2203) from Staphylococcus aureus MSSA476
要素Inositol monophosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / FIG superfamily / IMPase fold
機能・相同性D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #80 / Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 / Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal dual specific inositol monophosphatase/NADP(H) phosphatase (SAS2203) delineates the molecular basis of substrate specificity
著者: Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Saha, B. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol monophosphatase family protein
B: Inositol monophosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2045
ポリマ－62,9162
非ポリマー2883
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.983, 68.350, 143.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Inositol monophosphatase family protein


分子量: 31458.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: SAS2203 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G709, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Lithium sulphate, 0.1M HEPES pH 7.0, 20%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.597→71.894 Å / Num. all: 15862 / Num. obs: 15691 / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0095精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P3N

2p3n


解像度: 2.6→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 27.287 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 785 5 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1984 15690 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.08 Å2 / Biso mean: 36.195 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20 Å2
2---2.32 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3992 0 15 79 4086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.9615543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.525498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.63225.789190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.39515721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.895157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.571.52501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08324020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6731594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6634.51522
LS精密化 シェル解像度: 2.597→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 56 -
Rwork0.227 1046 -
all-1102 -
obs--95.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39370.4163-0.55542.0385-0.24792.30150.0762-0.02020.05530.1779-0.0107-0.1405-0.05060.1095-0.06550.02180.0038-0.01950.0136-0.01290.04138.087311.127635.8497
22.34430.4159-0.07143.51991.05942.1107-0.04820.1608-0.3927-0.60160.028-0.2730.09830.04490.02020.1975-0.00290.05650.1379-0.01610.08144.03243.17316.4806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 265

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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