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- PDB-3qlk: Crystal Structure of RipA from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qlk
タイトルCrystal Structure of RipA from Yersinia pestis
要素Coenzyme A transferase
キーワードTRANSFERASE / 4-HYDROXYBUTRYRATE COENZYME A TRANSFERASE / COENZYME A TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxybutyrate coenzyme A transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Torres, R. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Biochemical, structural and molecular dynamics analyses of the potential virulence factor RipA from Yersinia pestis.
著者: Torres, R. / Swift, R.V. / Chim, N. / Wheatley, N. / Lan, B. / Atwood, B.R. / Pujol, C. / Sankaran, B. / Bliska, J.B. / Amaro, R.E. / Goulding, C.W.
履歴
登録2011年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A transferase
B: Coenzyme A transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2522
ポリマ－100,2522
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)197.508, 197.508, 61.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Coenzyme A transferase / Putative Coenzyme A transferase / Similar to 4-hydroxybutyrate CoA transferase


分子量: 50125.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: aCH1, y2385, YPO1926, YP_1668 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZC36

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 18% PEG 3350, .2M Na Citrate, .1M BisTris Propane pH 6.3 and 1mM CoA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月14日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27624 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.058 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.1114.20.56327230.9251100
3.11-3.2314.40.42727460.9691100
3.23-3.3814.50.31627380.9831100
3.38-3.5614.60.21827321.0241100
3.56-3.7814.80.16827421.061100
3.78-4.07150.12227581.0761100
4.07-4.48150.09227561.1121100
4.48-5.1314.90.08827801.2491100
5.13-6.4614.50.0827751.1021100
6.46-5014.60.0428741.061100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→49.716 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8447 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 1922 7.19 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1864 26715 96.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 15.223 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 121.64 Å2 / Biso mean: 52.7933 Å2 / Biso min: 24.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.7867 Å2-0 Å20 Å2
2---12.7867 Å2-0 Å2
3---25.5733 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6660 0 0 0 6660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6279203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921056
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0062529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.07430.3071280.26371633176190
3.0743-3.15740.27621260.25261647177392
3.1574-3.25030.29311270.2451705183293
3.2503-3.35520.26681340.22171692182694
3.3552-3.47510.26461360.20631750188696
3.4751-3.61420.2281360.20031759189597
3.6142-3.77860.24731360.19261775191197
3.7786-3.97770.2011410.17891791193298
3.9777-4.22680.19141360.15671809194599
4.2268-4.5530.17771400.14361810195099
4.553-5.01080.18541420.148918241966100
5.0108-5.73490.23671430.182318351978100
5.7349-7.22190.20961430.178118491992100
7.2219-49.72270.1691540.17219142068100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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