PDB-3qk6: Crystal structure of Escherichia coli PhnD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qk6

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli PhnD

要素

PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Phosphonate transport protein

機能・相同性

機能・相同性情報

organic phosphonate transport / cell envelope / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli UTI89 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Alicea, I. / Schreiter, E.R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the Escherichia coli Phosphonate Binding Protein PhnD and Rationally Optimized Phosphonate Biosensors.
著者: Alicea, I. / Marvin, J.S. / Miklos, A.E. / Ellington, A.D. / Looger, L.L. / Schreiter, E.R.

履歴

登録	2011年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qk6.cif.gz	248.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qk6.ent.gz	203.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qk6_validation.pdf.gz	398.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qk6_full_validation.pdf.gz	404.7 KB	表示
XML形式データ	3qk6_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3qk6_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p7iC 3qujC 3s4uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3quj-1 3p7i-1 6kyr-d 6kyq-d 4yzg-d 2b2n-d 6le5-2 2fys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter

B: PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.738, 82.984, 66.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.20, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

There is one dimer per asymmetric unit, which is equivalents to its dimeric biological assembly.

#1: タンパク質	PhnD, subunit of alkylphosphonate ABC transporter 分子量: 36136.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-338 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli UTI89 (大腸菌) / 株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: phnD, UTI89_C4699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1R3F7
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2%v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20%w/v PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射	モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→43 Å / Num. all: 30016 / Num. obs: 28305 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SPEC		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 21.06 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26655	1435	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20567	-	-	-
obs	0.20881	26844	93.89 %	-
all	-	30016	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.355 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.21 Å²	0 Å²	-0.78 Å²
2-	-	2.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4789	0	10	29	4828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.673	1.959	6615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.272	5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.181	25.837	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.057	15	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.258	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.703	1.5	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.304	2	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	3	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.008	4.5	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.389	105	-
R_work	0.284	1921	-
obs	-	-	92.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1754	-0.3097	-0.4765	3.2138	-0.2261	1.8114	0.1159	0.3318	0.3557	-0.144	-0.0209	0.2376	-0.2333	-0.1052	-0.095	0.1241	0.0112	-0.0362	0.1982	0.0741	0.081	45.839	14.164	10.537
2	2.1769	1.5004	-0.0048	2.938	-0.0832	1.1919	0.0542	-0.049	0.0016	0.089	-0.0736	0.3127	0.0315	-0.3143	0.0193	0.0343	-0.0469	-0.001	0.2253	-0.0115	0.0561	37.95	-4.909	18.494
3	2.7194	1.0204	-0.6912	1.9848	-0.1114	0.7684	0.1021	0.0034	0.1981	0.0739	-0.0482	0.3091	-0.103	-0.0951	-0.0538	0.0945	-0.0158	-0.0144	0.2234	-0.013	0.0638	42.823	4.139	18.727
4	4.3815	0.4453	-0.2086	1.4176	-0.1695	0.2663	-0.0035	0.3581	-0.5586	-0.1085	-0.109	0.1053	0.139	0.0974	0.1126	0.1427	0	0.0103	0.2635	-0.0364	0.1579	59.436	-12.158	12.782
5	4.8028	1.9132	-0.4589	4.3247	-1.2599	3.3394	-0.598	0.9867	-1.54	-0.3832	0.5638	-0.8252	0.4125	-0.1057	0.0342	0.2019	-0.0414	0.1636	0.3363	-0.3876	0.6013	86.808	-18.235	11.913
6	3.3019	2.0114	0.1137	2.8522	-0.4543	1.0804	-0.1858	0.2635	-0.347	-0.1464	0.247	-0.2596	0.1169	0.0381	-0.0612	0.0404	0.0291	-0.0021	0.2035	-0.0651	0.0569	84.309	-4.86	17.227
7	3.5927	1.7103	0.1228	2.5046	-0.388	0.9759	-0.1113	0.1986	-0.4094	-0.0409	0.1245	-0.3459	0.1157	0.1688	-0.0133	0.0454	0.0364	0.0102	0.2388	-0.0591	0.0674	89.964	-1.803	18.659
8	8.5862	5.9857	-4.5394	5.541	-3.2525	3.3195	0.1635	0.1277	0.4128	0.0356	0.1625	0.2438	-0.0898	-0.0745	-0.326	0.1141	0.0117	-0.0305	0.2673	0.0287	0.0638	71.876	12.181	11.735

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 75
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 262
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	263 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 58
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	59 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	103 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	267 - 312

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