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万見
- PDB-3qjl: One RAMP protein binding different RNA substrates -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjl
タイトルOne RAMP protein binding different RNA substrates
要素
  • Putative uncharacterized protein PH0350
  • RNA (5'-R(*GP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*GP*A)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / Ferridoxin fold / work in immune system in prokaryotes / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / defense response to virus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR associated protein Cas6, C-terminal / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal / Alpha-Beta Plaits - #1890 / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #1900 / CRISPR-associated protein, Cas6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Putative CRISPR-associated endoribonuclease-like protein Cas6nc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7009 Å
データ登録者Wang, R. / Zheng, H. / Preamplume, G. / Li, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cooperative and Specific Binding of a RAMP Protein to Single-stranded CRISPR Repeat RNA
著者: Wang, R. / Zheng, H. / Preamplume, G. / Li, H.
履歴
登録2011年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PH0350
X: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*GP*A)-3')
B: Putative uncharacterized protein PH0350
R: RNA (5'-R(*GP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8244
ポリマ－63,8244
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.773, 88.773, 257.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PH0350


分子量: 28067.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0350 / 参照: UniProt: O58088
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*UP*AP*CP*AP*AP*UP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 3844.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CRISPR
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.005 M MgSO4, 0.05 M MES (pH6.0), 3-8% PEG4000, 0.2 M NaCl and 0.1 M KCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5621 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5621 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 28452 / Num. obs: 28452 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.7→50 Å / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_589)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7009→39.7 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1861 7.03 %
Rwork0.2184 --
obs0.2216 26485 90.59 %
all-29236 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.466 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.3413 Å20 Å2-0 Å2
2--13.3413 Å2-0 Å2
3----26.6826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7009→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3894 510 0 39 4443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1526238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9941810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7009-2.7740.4685920.39261228X-RAY DIFFRACTION60
2.774-2.85560.48691120.35521435X-RAY DIFFRACTION71
2.8556-2.94770.40651220.31171643X-RAY DIFFRACTION80
2.9477-3.0530.31541400.27511882X-RAY DIFFRACTION91
3.053-3.17520.31231430.27431933X-RAY DIFFRACTION94
3.1752-3.31960.33471530.25721982X-RAY DIFFRACTION97
3.3196-3.49460.28321460.24151945X-RAY DIFFRACTION94
3.4946-3.71340.28081500.21532000X-RAY DIFFRACTION97
3.7134-3.99980.25051540.19932008X-RAY DIFFRACTION96
3.9998-4.40190.21931580.17072064X-RAY DIFFRACTION99
4.4019-5.03770.2011580.15652097X-RAY DIFFRACTION99
5.0377-6.34280.22381620.21792148X-RAY DIFFRACTION99
6.3428-39.70480.24881710.21052259X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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