+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qio | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of HIV-1 RNase H with engineered E. coli loop and N-hydroxy quinazolinedione inhibitor | ||||||
要素 | Gag-Pol polyprotein,Ribonuclease HI,Gag-Pol polyprotein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HYDROLASE/INHIBITOR / RNase H / HIV-1 / inhibitor / nuclease / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA replication, removal of RNA primer / integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / ribonuclease H / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs ...DNA replication, removal of RNA primer / integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / ribonuclease H / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / Assembly Of The HIV Virion / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / endonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4011 Å | ||||||
データ登録者 | Lansdon, E.B. / Liu, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2011 タイトル: Structural and Binding Analysis of Pyrimidinol Carboxylic Acid and N-Hydroxy Quinazolinedione HIV-1 RNase H Inhibitors. 著者: Lansdon, E.B. / Liu, Q. / Leavitt, S.A. / Balakrishnan, M. / Perry, J.K. / Lancaster-Moyer, C. / Kutty, N. / Liu, X. / Squires, N.H. / Watkins, W.J. / Kirschberg, T.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qio.cif.gz | 48.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3qio.ent.gz | 31.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qio | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16921.463 Da / 分子数: 1 断片: HIV-1 RNase H (UNP REsdieus 1014-1148),HIV-1 RNase H (UNP REsdieus 1014-1148),HIV-1 RNase H (UNP REsdieus 1014-1148) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Human ...由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate HXB2) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate HXB2, K12 遺伝子: gag-pol, rnhA, dasF, herA, rnh, sdrA, b0214, JW0204 プラスミド: pET 30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P04585, UniProt: P0A7Y4, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; ...参照: UniProt: P04585, UniProt: P0A7Y4, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, ribonuclease H | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-QID / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG 3350, 100mM HEPES pH 7.5, and 200mM LiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月25日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal, cylindrically bent, SI(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 30610 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 83.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HRH 解像度: 1.4011→28.176 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.216 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4011→28.176 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|