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- PDB-3qii: Crystal structure of tudor domain 2 of human PHD finger protein 20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qii
タイトルCrystal structure of tudor domain 2 of human PHD finger protein 20
要素PHD finger protein 20
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / tudor domain / phd finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NSL complex / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / Stabilization of p53 / Regulation of TP53 Degradation / chromatin organization / HATs acetylate histones / nuclear membrane ...NSL complex / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / Stabilization of p53 / Regulation of TP53 Degradation / chromatin organization / HATs acetylate histones / nuclear membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PHD finger protein 20, AT hook / PHD finger protein 20, AT-hook / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / PHD finger protein 20-like / PhD finger domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...PHD finger protein 20, AT hook / PHD finger protein 20, AT-hook / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / PHD finger protein 20-like / PhD finger domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, Z. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Chao, X. / Bian, C. / Lam, R. / Crombet, L. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...Li, Z. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Chao, X. / Bian, C. / Lam, R. / Crombet, L. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of the Tudor domains of human PHF20 reveal novel structural variations on the Royal Family of proteins.
著者: Adams-Cioaba, M.A. / Li, Z. / Tempel, W. / Guo, Y. / Bian, C. / Li, Y. / Lam, R. / Min, J.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Database references
改定 1.32012年4月11日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8192
ポリマ－9,8191
非ポリマー01
水18010
1
A: PHD finger protein 20

A: PHD finger protein 20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6384
ポリマ－19,6382
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.683, 48.683, 96.273
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 20 / Glioma-expressed antigen 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 58 / Novel zinc finger ...Glioma-expressed antigen 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 58 / Novel zinc finger protein / Transcription factor TZP


分子量: 9818.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF20, C20orf104, GLEA2, HCA58, NZF, TZP / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q9BVI0
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG-8000, 0.2M sodium chloride, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 5606 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.393 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.346.40.3182371.013186.8
2.34-2.388.20.3112601.1198.5
2.38-2.439.30.372710.863199.3
2.43-2.4810.30.3342740.957199.3
2.48-2.5311.80.2862641.0291100
2.53-2.5912.50.3112830.9371100
2.59-2.6613.30.2822681.0251100
2.66-2.7313.50.2482741.1511100
2.73-2.81140.1782751.0921100
2.81-2.913.70.1662761.2091100
2.9-3140.1452791.2431100
3-3.1213.70.1142831.331100
3.12-3.2613.90.0912811.3881100
3.26-3.4413.80.0692781.3551100
3.44-3.6513.80.0642811.6421100
3.65-3.9313.20.0662862.2921100
3.93-4.33130.0572932.571100
4.33-4.9513.10.0453002.1471100
4.95-6.2412.90.0373011.2981100
6.24-5011.20.033421.379199.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2o4x

2o4x


解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 11.554 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. The programs buccaneer, arp/warp, coot and the ffas03 and molprobity servers were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 266 4.8 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 5533 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.075 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å20 Å20 Å2
2--1.81 Å20 Å2
3----3.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数421 0 1 10 432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.898586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8333682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.279551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81724.28621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1531569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.564151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.5258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1741.5104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.382419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5073174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2084.5167
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 24 -
Rwork0.319 339 -
all-363 -
obs--94.04 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.0029 Å / Origin y: 27.1772 Å / Origin z: 2.5316 Å
111213212223313233
T0.3122 Å20.021 Å2-0.0055 Å2-0.2454 Å20.016 Å2--0.1429 Å2
L4.0776 °20.6746 °21.6418 °2-2.8771 °21.8823 °2--6.074 °2
S-0.074 Å °-0.1421 Å °-0.404 Å °0.2371 Å °0.1754 Å °-0.1112 Å °0.6262 Å °0.2656 Å °-0.1015 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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