PDB-3qhp: Crystal structure of the catalytic domain of cholesterol-alpha-gl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qhp

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of cholesterol-alpha-glucosyltransferase from Helicobacter pylori

要素

Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ)

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Lee, S.J. / Lee, B.I. / Suh, S.W.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of cholesterol-alpha-glucosyltransferase from Helicobacter pylori
著者: Lee, S.J. / Lee, B.I. / Suh, S.W.

履歴

登録	2011年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qhp.cif.gz	79.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qhp.ent.gz	59.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/3qhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jvq-2 6jvp-2 6jvj-1 5nhy-2 6jvo-2 6jvh-2 6jvt-1 1r67-d 6f22-2 1hzt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ)

B: Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ)

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.786, 40.714, 53.738
Angle α, β, γ (deg.)	101.44, 94.87, 90.58
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ) / cholesterol-alpha-glucosyltransferase 分子量: 18578.461 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 201-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 26695 / 遺伝子: HP0421 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O25175
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Type 1 capsular polysaccharide biosynthesis protein J (CapJ) / cholesterol-alpha-glucosyltransferase

分子量: 18578.461 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, residues 201-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 26695 / 遺伝子: HP0421 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O25175

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.21 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 0.1M glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	0.9194, 0.9196, 0.9062

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年11月23日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年11月28日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9194	1
3	0.9196	1
4	0.9062	1

反射

解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 45557 / % possible obs: 96 %

反射シェル

解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / R_sym value: 0.138 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.368 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22734	2306	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.19757	43082	95.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.71 Å² / B_iso mean: 17.49 Å² / B_iso min: 3.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.12 Å²	-0.27 Å²
2-	-	-0.11 Å²	-0.62 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2440	0	0	280	2720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.982	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.658	25.437	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.615	15	499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.81	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.766	1.5	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.413	2	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.012	3	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.408	4.5	877
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	158	-
R_work	0.231	3076	-
all	-	3234	-
obs	-	-	93.5 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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