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- PDB-3qh2: Crystal structure of TenI from Bacillus subtilis complexed with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qh2
タイトルCrystal structure of TenI from Bacillus subtilis complexed with product cThz-P
要素Regulatory protein tenI
キーワードISOMERASE / Alpha-Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


thiazole tautomerase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3NM / Thiazole tautomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.231 Å
データ登録者Han, Y. / Zhang, Y. / Hazra, A. / Chatterjee, A. / Lai, R. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: A Missing Enzyme in Thiamin Thiazole Biosynthesis: Identification of TenI as a Thiazole Tautomerase.
著者: Hazra, A.B. / Han, Y. / Chatterjee, A. / Zhang, Y. / Lai, R.Y. / Ealick, S.E. / Begley, T.P.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein tenI
B: Regulatory protein tenI
C: Regulatory protein tenI
D: Regulatory protein tenI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2679
ポリマ－99,1024
非ポリマー1,1655
水5,441302
1
A: Regulatory protein tenI
B: Regulatory protein tenI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1825
ポリマ－49,5512
非ポリマー6303
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16980 Å2
手法PISA
2
C: Regulatory protein tenI
D: Regulatory protein tenI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0854
ポリマ－49,5512
非ポリマー5342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.047, 105.418, 219.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein tenI


分子量: 24775.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: tenI, BSU11660 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25053
#2: 化合物
ChemComp-3NM / 4-methyl-5-[2-(phosphonooxy)ethyl]-1,3-thiazole-2-carboxylic acid


分子量: 267.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10NO6PS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, bicine, cysteine, pH 8.7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9777 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. all: 55489 / Num. obs: 55489 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.23-2.316.40.45154781.3911100
2.31-2.46.40.38155421.2991100
2.4-2.516.30.30854641.146199.9
2.51-2.646.20.23955081.151199.9
2.64-2.816.10.18154880.998199.9
2.81-3.035.90.12855090.979199.7
3.03-3.335.80.08455330.966199.6
3.33-3.815.70.05555661.022199.5
3.81-4.85.80.03856130.954199.8
4.8-506.30.03557881.114199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1YAD

1yad


解像度: 2.231→42.751 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8543 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 2801 5.08 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.176 55149 99.19 %-
all-55489 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.977 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.73 Å2 / Biso mean: 24.6369 Å2 / Biso min: 0.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9164 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.1022 Å2-0 Å2
3----2.8141 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.231→42.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6024 0 69 302 6395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2658418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3942340
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2307-2.26920.30231560.20722514267098
2.2692-2.31040.24171330.17812597273099
2.3104-2.35490.26761370.18412576271399
2.3549-2.40290.29071400.19182649278999
2.4029-2.45520.25831240.18972567269199
2.4552-2.51230.27211530.184825922745100
2.5123-2.57510.24071380.193825992737100
2.5751-2.64470.24551350.196326272762100
2.6447-2.72250.26931350.184825952730100
2.7225-2.81040.21921520.190425942746100
2.8104-2.91080.25371280.186526352763100
2.9108-3.02730.22351440.183326082752100
3.0273-3.16510.22681400.17712627276799
3.1651-3.33190.20781350.171726242759100
3.3319-3.54050.20441350.1542651278699
3.5405-3.81370.21941360.162226402776100
3.8137-4.19720.18631410.145426462787100
4.1972-4.80390.16581650.132526582823100
4.8039-6.04970.20271480.165626812829100
6.0497-42.7590.22491260.20962668279495

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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