[日本語] English
万見
- PDB-3qgv: Crystal structure of a thermostable amylase variant -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qgv
タイトルCrystal structure of a thermostable amylase variant
要素Alpha amylase
キーワードHYDROLASE / (Beta/alpha)8-barrel / alpha-amylase / family 13 glycosyl
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / beta-cyclodextrin
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus woesei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hein, K.L. / Ganshaw, G. / Bott, R. / Nissen, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a highly mutated, thermostable \xCE\xB1-amylase variant
著者: Hein, K.L. / Ganshaw, G. / Bott, R. / Nissen, P.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,96111
ポリマ－49,6801
非ポリマー2,28210
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.900, 59.900, 272.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-531-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha amylase


分子量: 49679.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus woesei (古細菌) / 参照: alpha-amylase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 198分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5 and 20% (v/v) Ethanol or 0.2 M Sodium-chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 55280 / Num. obs: 55126 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice5データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 2779 5.04 %RANDOM
Rwork0.1646 ---
all0.1668 ---
obs0.1668 55125 99.71 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.706 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5931 Å20 Å2-0 Å2
2--6.5931 Å2-0 Å2
3----13.1862 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 141 191 3863
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.7681467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13620.3041410.25272633X-RAY DIFFRACTION99
2.1362-2.1750.3271400.24022581X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.21690.27371380.23372654X-RAY DIFFRACTION100
2.2169-2.26210.28831330.24692570X-RAY DIFFRACTION99
2.2621-2.31130.3311440.21792648X-RAY DIFFRACTION100
2.3113-2.36510.25391380.2052595X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.42420.24061370.18492642X-RAY DIFFRACTION100
2.4242-2.48980.2521410.19452621X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.5630.22771370.16832590X-RAY DIFFRACTION100
2.563-2.64580.19851370.16252618X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.74030.28321420.17012641X-RAY DIFFRACTION100
2.7403-2.850.21841350.17212635X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.97970.21971390.16082590X-RAY DIFFRACTION100
2.9797-3.13680.25091420.15612647X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.33330.19231360.15512593X-RAY DIFFRACTION100
3.3333-3.59060.19181390.15092591X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-3.95180.19811380.14612653X-RAY DIFFRACTION100
3.9518-4.52330.17041390.1272599X-RAY DIFFRACTION100
4.5233-5.69760.15611440.13272621X-RAY DIFFRACTION100
5.6976-50.01490.14741390.16862624X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2225 Å / Origin y: -13.6966 Å / Origin z: -15.4898 Å
111213212223313233
T0.1454 Å2-0.0234 Å20.0084 Å2-0.2589 Å20.0265 Å2--0.2653 Å2
L0.5337 °2-0.3938 °20.4422 °2-0.8615 °2-0.9689 °2--3.2072 °2
S-0.0335 Å °-0.032 Å °-0.0106 Å °0.0925 Å °0.136 Å °0.037 Å °-0.0289 Å °-0.3114 Å °0.0003 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る