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万見
- PDB-3qg9: crystal structure of FBF-2/gld-1 FBEa A7U mutant complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qg9
タイトルcrystal structure of FBF-2/gld-1 FBEa A7U mutant complex
要素
  • 5'-R(*UP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*UP*A)-3'
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
キーワードRNA binding protein/RNA / PUF repeats / RNA binding domain / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / negative regulation of translation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Koh, Y.Y. / Wang, Y. / Qiu, C. / Opperman, L. / Gross, L. / Hall, T.M.T. / Wickens, M.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: Stacking interactions in PUF-RNA complexes.
著者: Koh, Y.Y. / Wang, Y. / Qiu, C. / Opperman, L. / Gross, L. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M.
履歴
登録2011年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: 5'-R(*UP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*UP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8913
ポリマ－49,8292
非ポリマー621
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.750, 96.750, 101.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 47019.055 Da / 分子数: 1 / 断片: PUM-HD domain, residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*GP*UP*GP*CP*CP*UP*UP*A)-3'


分子量: 2809.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic RNA
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG8000, 8% ethylene glycol, 0.1 M Tris (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 25563 / Num. obs: 25563 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2539 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→24.45 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2253 1170 4.99 %random
Rwork0.1703 ---
all0.173 25536 --
obs-23450 91.83 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3182 185 4 290 3661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073445
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9574681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062545
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5541299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2492-2.35150.27431400.18852644278488
2.3515-2.47540.23871380.17742723286189
2.4754-2.63030.26231530.17312626277987
2.6303-2.83310.23131410.17082672281389
2.8331-3.11770.23331190.17062718283789
3.1177-3.56770.22541650.16432938310397
3.5677-4.49030.18721610.14922930309197
4.4903-24.45180.19081530.15153029318298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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