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- PDB-3qfl: Coiled-Coil Domain-Dependent Homodimerization of Intracellular ML... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qfl
タイトルCoiled-Coil Domain-Dependent Homodimerization of Intracellular MLA Immune Receptors Defines a Minimal Functional Module for Triggering Cell Death
要素MLA10
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coil / (CC) domain / NLRs / nucleotide-binding domain / leucine-rich repeat containing receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4130 / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4130 / Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MLA10 / CC-NBS-LRR resistance protein MLA13
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Chai, J. / Cheng, W.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2011
タイトル: Coiled-Coil Domain-Dependent Homodimerization of Intracellular Barley Immune Receptors Defines a Minimal Functional Module for Triggering Cell Death
著者: Maekawa, T. / Cheng, W. / Spiridon, L.N. / Toller, A. / Lukasik, E. / Saijo, Y. / Liu, P. / Shen, Q.H. / Micluta, M.A. / Somssich, I.E. / Takken, F.L. / Petrescu, A.J. / Chai, J. / Schulze-Lefert, P.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MLA10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1551
ポリマ－13,1551
非ポリマー00
水1,24369
1
A: MLA10

A: MLA10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3102
ポリマ－26,3102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.462, 30.268, 38.052
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 MLA10


分子量: 13154.908 Da / 分子数: 1 / 断片: MLA10 coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: Mla10 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6WWJ4, UniProt: Q8GSK4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate trihydrate(NaAc), 2.0M sodium formate(NaCOOH), pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP , temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9767 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→50 Å / Num. all: 8862 / Num. obs: 8809 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→24.707 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 443 4.56 %RANDOM
Rwork0.2101 ---
obs0.2122 8809 99.29 %-
all-8862 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.746 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5946 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2--2.8226 Å2-0 Å2
3---1.3173 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→24.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数878 0 0 69 947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9241222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.937358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9971-2.15130.29851490.21882770291999
2.1513-2.36760.2491190.205728212940100
2.3676-2.70980.29241320.21328202952100
2.7098-3.41270.30021310.21272794292599
3.4127-24.70930.20661360.20352763289998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4918-0.9050.26920.5315-0.16840.3294-0.01090.298-0.1976-0.08280.0220.0627-0.0738-0.0266-0.03720.1397-0.02570.01570.1727-0.01350.093983.812232.271828.2625
24.3395-0.27621.78030.0884-0.27941.7620.1852-0.1112-0.53120.0721-0.03440.09840.5953-0.1005-0.20560.25370.0541-0.07070.20150.00360.2013124.150221.534129.0645
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:90A1 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 96:120A96 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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