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- PDB-3qf3: Crystal structure of EspR transcription factor from mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qf3
タイトルCrystal structure of EspR transcription factor from mycobacterium tuberculosis
要素ESX-1 secretion-associated regulator EspR
キーワードTRANSCRIPTION / N-terminal HTH motif / C-terminal dimerization domain / Transcription factor / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / nucleoid / regulation of protein secretion / peptidoglycan-based cell wall / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / D-MALATE / Nucleoid-associated protein EspR / Nucleoid-associated protein EspR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Blasco, B. / Pojer, F. / Cole, S.T.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Atypical DNA recognition mechanism used by the EspR virulence regulator of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Blasco, B. / Stenta, M. / Alonso-Sarduy, L. / Dietler, G. / Peraro, M.D. / Cole, S.T. / Pojer, F.
履歴
登録2011年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22013年1月30日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
D: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
C: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
E: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
F: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8529
ポリマ－88,4506
非ポリマー4023
水4,179232
1
A: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
D: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6173
ポリマ－29,4832
非ポリマー1341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
2
B: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
C: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6173
ポリマ－29,4832
非ポリマー1341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
3
E: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
F: ESX-1 secretion-associated regulator EspR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6173
ポリマ－29,4832
非ポリマー1341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.209, 81.702, 124.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains 6 monomers. The biological assembly is an homodimer containing chains C and D / The asymmetric unit contains 6 monomers. The biological assembly is an homodimer containing chains E and F / The asymmetric unit contains 6 monomers. The biological assembly is an homodimer containing chains D and A

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要素

#1: タンパク質
ESX-1 secretion-associated regulator EspR


分子量: 14741.597 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: espR, MT3964, Rv3849 / プラスミド: pHis9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P96228, UniProt: P9WJB7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M malic acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→36.92 Å / Num. obs: 74014 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.28
反射 シェル解像度: 2.41→2.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.651 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Using our 2.8A SAD solved structure of a seleno-methionine derivative crystal of EspR

解像度: 2.41→36.92 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2013 5 %
Rwork0.1839 --
obs0.1868 40265 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.165 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0876 Å2-0 Å20.8601 Å2
2---2.8084 Å2-0 Å2
3---2.7208 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→36.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6113 0 27 232 6372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9998485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4482370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062922
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4105-2.49660.33681950.24673705X-RAY DIFFRACTION97
2.4966-2.59650.30022000.24523801X-RAY DIFFRACTION100
2.5965-2.71470.32172010.23513812X-RAY DIFFRACTION100
2.7147-2.85770.29462010.22073811X-RAY DIFFRACTION100
2.8577-3.03670.28412020.22783844X-RAY DIFFRACTION100
3.0367-3.27110.27272020.20573839X-RAY DIFFRACTION100
3.2711-3.60.26332010.19663813X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.12030.23772010.17233825X-RAY DIFFRACTION100
4.1203-5.18890.17222040.13863879X-RAY DIFFRACTION100
5.1889-36.92410.21582060.15943923X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07260.780.76372.36352.57083.5475-0.5918-0.5140.31850.01180.196-0.0679-0.5345-0.67940.33530.48980.3522-0.24120.4826-0.16650.32832.53612.87467.2558
21.1288-1.00061.08071.73561.02616.0828-0.29160.13-0.10180.19460.17470.27150.76290.77030.03520.37310.1121-0.0110.2670.03540.245920.093-10.450515.6813
32.3821-0.34721.95540.48190.18688.40090.6284-0.1572-0.09440.1594-0.0684-0.06512.1003-0.4659-0.49350.7319-0.1829-0.10120.17550.00280.174-1.0915-7.565-37.222
41.46240.29460.69772.879-1.58432.8141-0.14030.1624-0.1450.2942-0.3443-0.3258-0.41080.19940.49310.2628-0.1558-0.04030.27940.04910.400816.624815.6545-29.0378
50.611-0.25791.70930.92050.17385.1676-0.02750.40950.2153-0.0329-0.0664-0.1178-0.08210.73620.09530.044-0.02480.00870.33540.02180.19010.4316.7566-56.6045
62.30951.83751.36172.57460.70690.9848-0.3560.5805-0.12710.14560.04290.1608-0.29210.22170.23680.4045-0.1572-0.12050.40610.01930.484716.338718.2979-32.0319
72.13660.1890.79520.8073-0.39684.0338-0.3127-0.04250.0825-0.31130.176-0.11430.4556-0.37160.04850.3688-0.0845-0.03860.12840.02020.14072.26560.7901-13.5862
80.3046-0.29591.28731.4229-0.28594.71580.08440.12450.222-0.28140.07720.00740.93941.0235-0.13430.43420.1548-0.04560.3796-0.04810.320419.3014-9.48957.41
92.57650.07011.1043.76450.261.3884-0.0394-0.3725-0.04120.59490.00670.2726-0.2311-0.87970.060.26180.03750.10480.5982-0.08050.132613.9906-28.7573-41.8258
101.1468-0.60630.70991.1553-0.16753.382-0.09280.5518-0.0384-0.0231-0.0426-0.2442-0.07180.9880.14750.1101-0.12080.06570.5334-0.03980.306736.5787-30.7536-62.3252
111.62640.34341.93273.04580.63033.3640.0616-0.0153-0.09690.4146-0.3826-0.1297-0.47610.14140.20210.4104-0.2303-0.04760.31370.13020.21334.6004-29.2902-27.959
122.6518-0.99731.55530.4371-0.41171.3520.03570.4523-0.39540.1979-0.2281-0.0423-0.10750.61120.31260.0818-0.18420.08320.42760.01230.240238.7887-32.0791-58.4348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:95)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 96:133)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 3:93)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 94:133)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 3:91)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 92:131)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 4:80)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 81:131)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 3:94)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain E and resid 95:133)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain F and resid 3:89)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain F and resid 90:132)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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