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- PDB-3qef: The structure and function of an arabinan-specific alpha-1,2-arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qef
タイトルThe structure and function of an arabinan-specific alpha-1,2-arabinofuranosidase identified from screening the activities of bacterial GH43 glycoside hydrolases
要素Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N
キーワードHYDROLASE / 5-bladed beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / xylan catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, putative, gly43N
類似検索 - 構成要素
生物種Cellvibrio japonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.789 Å
データ登録者Cartmell, A. / Mckee, L.S. / Pena, M. / Larsbrink, J. / Brumer, H. / Lewis, R.J. / Viks-Nielsen, A. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The Structure and Function of an Arabinan-specific {alpha}-1,2-Arabinofuranosidase Identified from Screening the Activities of Bacterial GH43 Glycoside Hydrolases.
著者: Cartmell, A. / McKee, L.S. / Pena, M.J. / Larsbrink, J. / Brumer, H. / Kaneko, S. / Ichinose, H. / Lewis, R.J. / Vikso-Nielsen, A. / Gilbert, H.J. / Marles-Wright, J.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N
B: Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3298
ポリマ－69,1642
非ポリマー1,1656
水9,908550
1
A: Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0984
ポリマ－34,5821
非ポリマー5173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2304
ポリマ－34,5821
非ポリマー6493
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.640, 85.640, 195.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-xylosidase/alpha-L-arabinfuranosidase, gly43N


分子量: 34581.766 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-334 / 変異: D41A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellvibrio japonicus (バクテリア)
株: Ueda107 / 遺伝子: gly43N, CJA_3018 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B3PD60, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-5LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a211h-1a_1-4]/1-1-1/a5-b1_b5-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L- ...alpha-L-arabinofuranose-(1-3)-[alpha-L-arabinofuranose-(1-5)]alpha-L-arabinofuranose-(1-5)-alpha-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafa1-3[LArafa1-5]LArafa1-5LArafa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a211h-1a_1-4]/1-1-1-1/a5-b1_b3-c1_b5-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Araf]{[(5+1)][a-L-Araf]{[(3+1)][a-L-Araf]{}[(5+1)][a-L-Araf]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 554分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 200 mM ammonium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.98
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.789→44.37 Å / Num. all: 69576 / Num. obs: 69477 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.79→1.89 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QED

3qed


解像度: 1.789→44.367 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 3512 5.06 %
Rwork0.169 --
obs0.1705 69473 99.99 %
all-69576 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.207 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1012 Å20 Å20 Å2
2---0.1012 Å20 Å2
3---0.2024 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.789→44.367 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4727 0 75 550 5352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1426794
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.751809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.789-1.81350.28491320.22422582X-RAY DIFFRACTION100
1.8135-1.83940.25351470.21372589X-RAY DIFFRACTION100
1.8394-1.86690.23561200.20092628X-RAY DIFFRACTION100
1.8669-1.8960.24261330.18752596X-RAY DIFFRACTION100
1.896-1.92710.21941370.18012570X-RAY DIFFRACTION100
1.9271-1.96040.22441340.17772603X-RAY DIFFRACTION100
1.9604-1.9960.22921400.1742629X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.03440.2461440.17482601X-RAY DIFFRACTION100
2.0344-2.07590.21591290.18282587X-RAY DIFFRACTION100
2.0759-2.12110.22861360.17952603X-RAY DIFFRACTION100
2.1211-2.17040.20011280.1772637X-RAY DIFFRACTION100
2.1704-2.22470.22021400.16732620X-RAY DIFFRACTION100
2.2247-2.28480.2051470.16432595X-RAY DIFFRACTION100
2.2848-2.35210.20951500.18132603X-RAY DIFFRACTION100
2.3521-2.4280.20481670.1822624X-RAY DIFFRACTION100
2.428-2.51470.22541590.18332605X-RAY DIFFRACTION100
2.5147-2.61540.20911430.17722617X-RAY DIFFRACTION100
2.6154-2.73440.21081350.18392647X-RAY DIFFRACTION100
2.7344-2.87860.24131380.18162655X-RAY DIFFRACTION100
2.8786-3.05890.18141470.17422655X-RAY DIFFRACTION100
3.0589-3.2950.19411390.16632672X-RAY DIFFRACTION100
3.295-3.62640.1661310.16472674X-RAY DIFFRACTION100
3.6264-4.15090.17461380.14912711X-RAY DIFFRACTION100
4.1509-5.22830.15341460.12632745X-RAY DIFFRACTION100
5.2283-44.38030.19981520.1922913X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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