PDB-3qe6: Mouse PACSIN 3 F-BAR domain structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qe6

タイトル

Mouse PACSIN 3 F-BAR domain structure

要素

Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

キーワード

ENDOCYTOSIS / F-BAR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane tubulation / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of endocytosis / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / negative regulation of calcium ion transport / regulation of endocytosis / calcium channel inhibitor activity / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / phospholipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Meng, G. / Bai, X. / Zheng, X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Rigidity of wedge loop in PACSIN 3 protein is a key factor in dictating diameters of tubules
著者: Bai, X. / Meng, G. / Luo, M. / Zheng, X.

履歴

登録	2011年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qe6.cif.gz	248.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qe6.ent.gz	201.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qe6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qe6_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qe6_full_validation.pdf.gz	472.4 KB	表示
XML形式データ	3qe6_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	3qe6_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qe6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/3qe6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m3wC 3syvC 3q84S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hai-2 2x3x-2 3q84-2 3q84-1 3m3w-d 3i2w-d 3q0k-1 3hai-1 2x3x-1 2x3v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

B: Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3

ヘテロ分子

71.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.849, 54.653, 193.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein kinase C and casein kinase II substrate protein 3 分子量: 35632.871 Da / 分子数: 2 / 断片: F-BAR domain, UNP residues 1-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pacsin3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99JB8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, MgCl2, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 29045 / Num. obs: 28175 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.77	1	92
2.77-30	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q84

3q84

解像度: 2.6→28.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 18.892 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27415	1492	5 %	RANDOM
R_work	0.22746	-	-	-
all	0.2275	29045	-	-
obs	0.22983	28175	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.281 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.28 Å²	0 Å²	1.8 Å²
2-	-	0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4599	0	2	34	4635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.041	1.92	6341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.34	5	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.687	22.819	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.332	15	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.083	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.159	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.923	1.5	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.683	2	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.022	3	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.875	4.5	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.954	3	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.549	3	46
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.683	3	4602

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.392	90	-
R_work	0.329	1873	-
obs	-	-	90.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1223	0.4075	-4.2694	1.1772	-0.3769	5.7095	0.14	0.2941	-0.1758	0.264	-0.2233	0.3088	-0.3152	-0.4439	0.0833	0.3064	0.0828	-0.0909	0.2176	-0.0684	0.4052	-10.2151	-0.1537	101.8231
2	4.366	0.7106	-4.2258	1.1865	-0.6221	5.0132	-0.0543	0.5752	-0.2674	-0.421	-0.0695	-0.2834	-0.1367	-0.151	0.1238	0.4197	0.0994	-0.0568	0.4165	-0.0445	0.3522	20.8306	2.5695	68.9535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 306
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 305

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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