PDB-3qdn: Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qdn

タイトル

Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium

要素

Putative thioredoxin protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / ybbN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative thioredoxin protein from Salmonella typhimurium.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qdn.cif.gz	230.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qdn.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qdn_validation.pdf.gz	442.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qdn_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	3qdn_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	3qdn_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qou-d 5le7-4 2x8x-d 6yjp-2 2bem-d 4kzd-3 5le7-1 4b7l-1 3dyj-1 5h31-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01793

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative thioredoxin protein

B: Putative thioredoxin protein

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative thioredoxin protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative thioredoxin protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.234, 62.547, 79.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative thioredoxin protein 分子量: 32344.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM0504, ybbN / プラスミド: pMCSG7 / Culture collection (発現宿主): 469008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZR92
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG-3000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M Tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→35.7 Å / Num. all: 32295 / Num. obs: 32295 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 49 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.12→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 1571 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.09→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 18.794 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30189	1625	5 %	RANDOM
R_work	0.24174	-	-	-
all	0.24486	30611	-	-
obs	0.24486	30611	96.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	0 Å²	-0.16 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4447	0	2	94	4543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.578	1.972	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.09	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.847	26.31	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.147	15	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.07	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	736
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.819	1.5	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.532	2	4690
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.311	3	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.882	4.5	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.094→2.148 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	73	-
R_work	0.334	1357	-
obs	-	1430	57.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2035	-0.1787	0.1974	0.3793	-0.1413	0.2054	0.0152	0.0649	-0.028	-0.0194	0.0083	-0.0355	0.0088	0.0537	-0.0235	0.057	0.0064	0.0312	0.1041	-0.0006	0.0754	60.0572	2.5562	61.0833
2	0.6329	0.1763	0.495	0.0756	0.2017	0.5865	-0.1171	0.2287	0.1389	-0.0325	0.0165	0.0322	-0.1225	0.1226	0.1005	0.223	-0.022	-0.0067	0.2324	0.032	0.2536	89.0042	1.1471	61.0516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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