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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qdk
タイトルStructural insight on mechanism and diverse substrate selection strategy of ribulokinase
要素Ribulokinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / PSI-II / Arabinose catabolism / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulokinase / ribulokinase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ribulokinase / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ribulose / Ribulokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structural insight into mechanism and diverse substrate selection strategy of L-ribulokinase.
著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2011年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年2月9日ID: 3JVP
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references
改定 1.32011年12月28日Group: Database references
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulokinase
B: Ribulokinase
C: Ribulokinase
D: Ribulokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,5675
ポリマ－251,4174
非ポリマー1501
水7,116395
1
A: Ribulokinase
B: Ribulokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,8593
ポリマ－125,7092
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA
2
C: Ribulokinase
D: Ribulokinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,7092
ポリマ－125,7092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area38360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.683, 88.840, 230.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ribulokinase


分子量: 62854.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
遺伝子: araB, BH1872 / プラスミド: pSGX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q9KBQ3, ribulokinase
#2: 糖 ChemComp-QDK / L-ribulose / L-リブロ-ス


タイプ: L-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG4K, 0.2M Sodium acetate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C10.9791
シンクロトロンNSLS X2520.9791
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年8月27日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2009年8月28日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI-IIISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI-IIISINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→50 Å / Num. all: 99100 / Num. obs: 99100 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.31→2.35 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4458 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
Cootモデル構築
CCP4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.31→48.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 196239.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2940 3 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 97059 96.6 %-
all-99100 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.3925 Å2 / ksol: 0.35214 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å2-1.62 Å2
2--4.09 Å20 Å2
3----6.17 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16759 0 10 395 17164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.522.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 481 3.1 %
Rwork0.28 14861 -
obs--91.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramdum.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4dum.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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