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- PDB-3qde: The structure of Cellobiose phosphorylase from Clostridium thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qde
タイトルThe structure of Cellobiose phosphorylase from Clostridium thermocellum in complex with phosphate
要素Cellobiose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / cellulase / cellobiose / phosphate / phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose phosphorylase / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
mpn423 like domain / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : ...mpn423 like domain / Glycoside hydrolase family 65, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyl hydrolase 94, supersandwich domain / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 94 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / PHOSPHATE ION / Cellobiose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Elsen, N.L. / Horn, M.K. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structure of cellobiose phosphorylase from Clostridium thermocellum in complex with phosphate.
著者: Bianchetti, C.M. / Elsen, N.L. / Fox, B.G. / Phillips, G.N.
履歴
登録2011年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose phosphorylase
B: Cellobiose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,4136
ポリマ－185,9792
非ポリマー4344
水12,466692
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area50230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.262, 122.062, 181.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose phosphorylase


分子量: 92989.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: cbp, Q8VP44 / プラスミド: pEC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8VP44, cellobiose phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein Solution (5.0 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M NaN3, and 0.005 M HEPES pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.157 M (NH4)2HPO4, 2.143 M (NH4)H2PO4, and 0.1 M Tris pH ...詳細: Protein Solution (5.0 mg/ml protein, 0.05 M NaCl, 0.0003 M NaN3, and 0.005 M HEPES pH 7) mixed in a 1:1 ratio with the Well Solution (0.157 M (NH4)2HPO4, 2.143 M (NH4)H2PO4, and 0.1 M Tris pH 8.0). Cryoprotected with 0.157 M (NH4)2HPO4, 2.143 M (NH4)H2PO4, 5% ethylene glycol, and 0.1 M Tris pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARmosaic 300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日 / 詳細: mirrors and beryllium lenses
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 73974 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.173 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.465.30.4247721.237197.6
2.46-2.525.50.39247921.273198.4
2.52-2.595.60.36348271.204198.9
2.59-2.665.80.34548571.183199.2
2.66-2.7560.31548841.17199.8
2.75-2.856.20.2949041.16199.9
2.85-2.966.50.2648961.21100
2.96-3.096.60.22849691.2021100
3.09-3.266.60.18349061.1921100
3.26-3.466.60.15249511.2441100
3.46-3.736.60.12549401.2291100
3.73-4.16.60.10549621.191100
4.1-4.76.60.09450141.0611100
4.7-5.926.50.07950561.1421100
5.92-506.20.06852440.958199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å34.33 Å
Translation2.5 Å34.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→34.326 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 3535 4.99 %
Rwork0.1508 --
obs0.1536 70898 95.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.296 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.79 Å2 / Biso mean: 34.1839 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0662 Å20 Å20 Å2
2--3.8791 Å2-0 Å2
3---0.1871 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→34.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13126 0 26 692 13844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93318314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9914958
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3846-2.41730.24491060.19732082218875
2.4173-2.45180.26771280.19482492262088
2.4518-2.48840.29281320.19032470260289
2.4884-2.52730.26851400.18722531267190
2.5273-2.56870.26451310.1812533266491
2.5687-2.6130.24921330.1912598273192
2.613-2.66050.25181350.1912581271692
2.6605-2.71160.27391340.20182635276993
2.7116-2.7670.27681390.20682621276094
2.767-2.82710.31561400.19372635277594
2.8271-2.89280.24191390.18842685282494
2.8928-2.96510.27261390.19012689282895
2.9651-3.04530.25821440.18462709285396
3.0453-3.13480.2451480.18042737288597
3.1348-3.23590.22231460.16862736288298
3.2359-3.35150.22211410.16782787292898
3.3515-3.48550.21821460.15792800294699
3.4855-3.6440.1971470.15272814296199
3.644-3.83590.18371490.12622817296699
3.8359-4.07590.16171490.12172832298199
4.0759-4.390.16031520.10962869302199
4.39-4.83070.1551490.10628442993100
4.8307-5.52720.17281530.110829073060100
5.5272-6.95420.17291540.135529223076100
6.9542-34.32940.17691610.14330373198100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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