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- PDB-3qc7: The structure of bacteriophage phi29 head fibers has a supercoile... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc7
タイトルThe structure of bacteriophage phi29 head fibers has a supercoiled triple repeating helix-turn-helix motif
要素Head fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / supercoiled triple repeating helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, fiber / viral procapsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1630 / Bacteriophage B103, Gp8, head fibre / Head fiber protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid fiber protein / Capsid fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Xiang, Y. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of bacteriophage {phi}29 head fibers has a supercoiled triple repeating helix-turn-helix motif.
著者: Xiang, Y. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2011年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Head fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9231
ポリマ－18,9231
非ポリマー00
水3,225179
1
A: Head fiber protein

A: Head fiber protein

A: Head fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7703
ポリマ－56,7703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17320 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.248, 47.248, 424.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Head fiber protein / Late protein GP8.5


分子量: 18923.359 Da / 分子数: 1 / 断片: gp8.5 fibrous portion (UNP residues 110-280) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 遺伝子: 8.5 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20344, UniProt: B3VMP4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: The gp8.5 fragment crystals were grown in 100mM sodium phosphate at pH ~6.8 and 8% w/v PEG 3000. It took about one week for crystals to appear, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→70 Å / Num. all: 28649 / Num. obs: 28649 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.52→29.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.121 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.077
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21833 1442 5 %RANDOM
Rwork0.19424 ---
all0.19542 27206 --
obs0.19542 27206 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→29.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 0 179 1373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3681.9871705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5185178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.2192845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9615231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.537153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.5834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64221358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6273411
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3944.5339
LS精密化 シェル解像度: 1.521→1.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 95 -
Rwork0.255 1886 -
obs--94.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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