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万見
- PDB-3qc3: Crystal structure of a D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (NP_954... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc3
タイトルCrystal structure of a D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (NP_954699) from HOMO SAPIENS at 2.20 A resolution
要素D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase
キーワードISOMERASE / TIM BARREL FOLD / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-phosphate 3-epimerase / D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity / Pentose phosphate pathway / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribulose-phosphate 3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 2. / Ribulose-phosphate 3-epimerase family signature 1. / Ribulose-phosphate 3-epimerase-like / Ribulose-phosphate 3 epimerase family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Ribulose-phosphate 3-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase (NP_954699) from HOMO SAPIENS at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase
B: D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,02910
ポリマ－50,4852
非ポリマー5448
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.665, 47.665, 220.774
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 224
2114B0 - 224
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS AND ANALYTICAL SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 D-ribulose-5-phosphate-3-epimerase / Ribulose-5-phosphate-3-epimerase / Ribulose-phosphate 3-epimerase


分子量: 25242.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPE, HUSSY-17 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q96AT9, ribulose-phosphate 3-epimerase

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非ポリマー , 5種, 208分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-224) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-224) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.16M magnesium acetate, 10.0% polyethylene glycol 8000, 20.0% Glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.0, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97944,0.97894
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979441
30.978941
反射解像度: 2.2→29.127 Å / Num. obs: 24823 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.791 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.280.6511.69434484996.4
2.28-2.370.4732.29359479997.7
2.37-2.480.4252.49667494297.6
2.48-2.610.3253.19287475098.1
2.61-2.770.2354.19202470897.7
2.77-2.980.175.49495484298.2
2.98-3.280.1097.99426482698.2
3.28-3.760.05813.69694494898.1
3.76-4.720.03519.89350478097.6
4.720.03239572490396.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.127 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 10.753 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3.ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4.SOLVENTS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5.ZINC (ZN), NICKEL (NI) AND IRON (FE) HAVE BEEN MODELED IN THE PUTATIVE ACTIVE SITE AT PARTIAL OCCUPANCIES BASED ON PEAKS IN AN X-RAY FLUORESCENCE EMISSION SPECTRA AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS CALCULATED FROM DIFFRACTION DATA COLLECTED BELOW AND ABOVE THE K-ABSORPTION EDGES FOR THESE METALS. 6.GLYCEROL (GOL) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED INTO ELECTRON DENSITY AT THE PUTATIVE ACTIVE AND IT MAY BE A SUBSTRATE MIMIC.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 1263 5.1 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.1667 24753 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.3 Å2 / Biso mean: 46.987 Å2 / Biso min: 28.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å20 Å2
2--1.76 Å20 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.127 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3399 0 18 200 3617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9624882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02935942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2985478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53625.159157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52315610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6091.52284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1761.5928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10823683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01831306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8494.51185
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2855 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.190.5
MEDIUM THERMAL0.632
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 88 -
Rwork0.234 1749 -
all-1837 -
obs--97.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62860.493-0.87021.52410.48133.4494-0.04740.0124-0.05540.04410.0051-0.13990.32010.22430.04230.03460.02380.00630.01970.01250.050112.7492.11228.019
22.568-0.5078-1.21361.89270.73653.82550.00020.03410.1619-0.0013-0.0030.084-0.0419-0.16160.00280.0209-0.00490.00170.00970.00060.0452-7.40911.284255.237
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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