PDB-3qb9: Mycobacterium tuberculosis bacterioferritin, BfrA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qb9

タイトル

Mycobacterium tuberculosis bacterioferritin, BfrA

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / cytosol / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Mtb iron assimilation by chelation / response to iron ion / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / heme binding / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

McMath, L.M. / Goulding, C.W. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis bacterioferritin, BfrA
著者: McMath, L.M. / Goulding, C.W.

履歴

登録	2011年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qb9.cif.gz	415.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qb9.ent.gz	343 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qb9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qb9_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3qb9_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	3qb9_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uofC 3uoiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uoi-1 4tod-d 3ise-d 2vxi-1 1bfr-d 3isf-1 3uoi-2 4xku-1 2y3q-1 5d8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv1876

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

ヘテロ分子

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
492 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.343, 124.343, 174.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH
2	1	A-483- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:159 )
2	1	1	chain B and (resseq 1:159 )
3	1	1	chain C and (resseq 1:159 )
4	1	1	chain D and (resseq 1:159 )
5	1	1	chain E and (resseq 1:159 )
6	1	1	chain F and (resseq 1:159 )

#1: タンパク質	Bacterioferritin / BFR 分子量: 20074.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: bfr, bfrA, MT1925, MTCY180.42c, Rv1876 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P63697, UniProt: P9WPQ9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.8 M NaCl, 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 25 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.0972109 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月3日
放射	モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0972109 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→39.321 Å / Num. obs: 75962 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.303

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.11→39.321 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	7640	10.09 %
R_work	0.1783	-	-
obs	0.1842	75688	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.94 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.373 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.373 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.7461 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→39.321 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7710	0	142	509	8361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7974
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	10824
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.74	3030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1416

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	3	C	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037
1	4	D	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	5	E	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	6	F	1285	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1084-2.1323	0.3874	229	0.3655	1984	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1323-2.1574	0.3853	263	0.3379	2237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1574-2.1837	0.3452	232	0.3137	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1837-2.2114	0.3096	263	0.29	2298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2114-2.2404	0.3272	247	0.2824	2249	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2404-2.2711	0.3202	247	0.2888	2268	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2711-2.3036	0.3385	234	0.2578	2311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3036-2.338	0.3017	264	0.2293	2285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.338-2.3745	0.2862	261	0.229	2241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3745-2.4134	0.333	243	0.2214	2271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4134-2.455	0.2792	293	0.2057	2235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.4997	0.2762	274	0.217	2248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4997-2.5477	0.2808	261	0.2083	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5477-2.5997	0.2843	250	0.21	2259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5997-2.6562	0.2869	251	0.2163	2290	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6562-2.718	0.2667	251	0.2033	2279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.718-2.786	0.252	240	0.195	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.786-2.8613	0.2706	247	0.2017	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8613-2.9454	0.2586	256	0.184	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9454-3.0405	0.2578	264	0.1839	2279	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0405-3.1491	0.2249	241	0.1711	2255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1491-3.2751	0.2416	254	0.1571	2308	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2751-3.4241	0.2368	250	0.1483	2272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4241-3.6045	0.1991	232	0.1361	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6045-3.8302	0.1797	242	0.1316	2290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8302-4.1256	0.1846	279	0.1264	2281	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1256-4.5402	0.1598	255	0.1138	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5402-5.1959	0.1903	267	0.1253	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1959-6.5414	0.2301	266	0.1705	2312	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5414-39.3275	0.1944	284	0.1664	2258	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -34.3994 Å / Origin y: -40.8286 Å / Origin z: -1.1453 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1849 Å²	-0.053 Å²	0.0114 Å²	-	0.2193 Å²	0.0031 Å²	-	-	0.2488 Å²
L	0.154 °²	-0.0299 °²	-0.0853 °²	-	0.1486 °²	-0.0362 °²	-	-	0.2993 °²
S	0.007 Å °	0.0142 Å °	0.1038 Å °	-0.0282 Å °	-0.0103 Å °	-0.1007 Å °	-0.0715 Å °	0.0829 Å °	0.002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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