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- PDB-3qb5: Human C3PO complex in the presence of MnSO4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb5
タイトルHuman C3PO complex in the presence of MnSO4
要素
  • Translin
  • Translin-associated protein X
キーワードHYDROLASE / 7 alpha helical bundle / ribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / RNA endonuclease activity / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / endonuclease activity ...A2A adenosine receptor binding / endoribonuclease complex / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA processing / RNA endonuclease activity / male germ cell nucleus / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / endonuclease activity / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cell differentiation / mRNA binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translin; domain 2 / Translin; domain 1 / Translin, N-terminal / Translin, C-terminal / Translin / Translin family / Translin superfamily / Translin family / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Translin / Translin-associated protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Ye, X. / Huang, N. / Liu, Y. / Paroo, Z. / Chen, S. / Zhang, H. / Liu, Q.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of C3PO and mechanism of human RISC activation.
著者: Ye, X. / Huang, N. / Liu, Y. / Paroo, Z. / Huerta, C. / Li, P. / Chen, S. / Liu, Q. / Zhang, H.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translin
B: Translin
C: Translin
K: Translin-associated protein X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,31511
ポリマ－111,8194
非ポリマー4957
水36020
1
A: Translin
B: Translin
C: Translin
K: Translin-associated protein X
ヘテロ分子

A: Translin
B: Translin
C: Translin
K: Translin-associated protein X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,63022
ポリマ－223,6398
非ポリマー99114
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area32840 Å2
ΔGint-248 kcal/mol
Surface area69360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.166, 98.166, 446.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCK

#1: タンパク質 Translin


分子量: 26219.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSN / プラスミド: PETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15631
#2: タンパク質 Translin-associated protein X


分子量: 33159.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSNAX, TRAX / プラスミド: PETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23(DE3) / 参照: UniProt: Q99598

-
非ポリマー , 6種, 27分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M phosphate citrate, 0.4 M lithium sulfate, soaked in 50 mM MnSO4, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.17712
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.17712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 28514 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PJA

3pja


解像度: 2.95→29.859 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1448 5.19 %RANDOM
Rwork0.2235 ---
obs0.226 27903 99.45 %-
all-27903 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.301 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1326 Å2-0 Å20 Å2
2---6.1326 Å2-0 Å2
3---12.2651 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→29.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7019 0 23 20 7062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.619657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9352670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021223
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9501-3.05540.37761610.32292557X-RAY DIFFRACTION100
3.0554-3.17770.37591440.29722543X-RAY DIFFRACTION99
3.1777-3.32210.32481480.28572564X-RAY DIFFRACTION99
3.3221-3.4970.33261330.26892605X-RAY DIFFRACTION99
3.497-3.71570.2751550.22712585X-RAY DIFFRACTION99
3.7157-4.0020.25371460.21162590X-RAY DIFFRACTION99
4.002-4.40360.2211480.1842653X-RAY DIFFRACTION100
4.4036-5.03810.23451270.18842684X-RAY DIFFRACTION100
5.0381-6.33750.30391420.24262727X-RAY DIFFRACTION99
6.3375-29.86030.241440.19912947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9590.9240.31981.65860.87811.10980.0171-0.03870.0913-0.1180.02640.0147-0.10530.0124-0.02030.68010.0888-0.02270.487-0.06950.629368.5324-23.77680.6054
20.36080.12610.00153.64360.67250.3017-0.06730.10580.0506-0.1380.1982-0.0032-0.02190.1067-0.11320.888-0.1111-0.01530.6999-0.11630.586460.2939-3.5001-26.0638
30.3097-0.0953-0.36861.22550.40290.967-0.0893-0.0246-0.03850.14630.10120.08560.15620.0090.03580.7397-0.0645-0.0240.5560.01560.694835.9551-30.4725.4989
40.47060.002-0.36862.7321.11511.2256-0.06630.07320.0232-0.44950.06770.419-0.1117-0.1341-0.01210.6425-0.0171-0.18110.56140.0050.673227.8284-6.7878-17.48
50000000000000001.3924-0.0977-0.41460.5772-0.03560.89331.024-11.887-12.624
65.0125-0.4709-0.1554.283.97563.7085-0.33770.99430.3948-0.0196-0.48470.58870.0254-0.14470.68711.2841-0.2180.27730.8078-0.040.988433.5763-14.5133-7.4112
71.91451.92111.94229.33781.58981.9877-0.173-0.1514-0.0276-0.350.1220.1280.28170.02170.00151.4377-0.3961-0.04730.99360.02841.560133.3829-11.292-10.7166
80.2313-0.0019-0.20050.26830.26510.2784-0.04030.02190.07190.06720.1348-0.10220.2232-0.0483-0.05360.41230.0137-0.11220.3644-0.03550.353147.2885-12.0165-11.6803
90000000000000001.34210.1516-0.35011.654-0.78771.211250.216-45.347-25.967
100000000000000002.01760.2678-0.29291.061-0.51411.115966.291-23.89415.811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain K
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain D
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain F
9X-RAY DIFFRACTION9chain H
10X-RAY DIFFRACTION10chain I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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