PDB-3qap: Crystal structure of Natronomonas pharaonis sensory rhodopsin II ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qap

タイトル

Crystal structure of Natronomonas pharaonis sensory rhodopsin II in the ground state

要素

Sensory rhodopsin-2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Phototaxis / NpHtrII / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Natronomonas pharaonis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gushchin, I. / Reshetnyak, A. / Borshchevskiy, V. / Ishchenko, A. / Round, E. / Grudinin, S. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Active State of Sensory Rhodopsin II: Structural Determinants for Signal Transfer and Proton Pumping.
著者: Gushchin, I. / Reshetnyak, A. / Borshchevskiy, V. / Ishchenko, A. / Round, E. / Grudinin, S. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.

履歴

登録	2011年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qap.cif.gz	113.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qap.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qap_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qap_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
XML形式データ	3qap_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	3qap_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/3qap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/3qap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qdcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wd6-1 3wd6-3 3wd6-4 3omq-1 6uav-d 5ueh-d 3wd6-2 5yvn-d 6pnm-d 4pqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (9) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (7) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (9)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (7)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sensory rhodopsin-2

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.990, 128.090, 50.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II

分子量: 25368.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 105分子

#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O
#4: 化合物	... ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#5: 化合物	ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル分子量: 653.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₃H₈₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 295.5 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.1 詳細: 1M Na/KPi, 0.3M trehalose, pH 5.1, Lipidic cubic phase, temperature 295.5K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→22.11 Å / Num. all: 21333 / Num. obs: 20672 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17306	1107	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15236	-	-	-
obs	0.15343	20672	95.91 %	-
all	-	21333	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1633	0	375	73	2081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.023	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	2.081	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.049	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.41	20.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.94	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.041	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.997	2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.331	3	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.974	4.5	942
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	103	-
R_work	0.201	1464	-
obs	-	-	95.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8731	4.1925	-0.5368	6.4697	1.4686	6.6613	-0.1885	0.0443	0.5141	-0.1677	0.2129	0.3757	-0.4246	-0.2688	-0.0244	0.0573	0.039	-0.044	0.174	0.0033	0.0842	3.946	40.082	-6.922
2	3.1178	1.6088	0.6199	9.0898	-3.7169	4.5816	0.1224	-0.1766	-0.2836	-0.3665	0.119	0.5617	0.493	-0.4731	-0.2415	0.061	-0.0854	-0.0285	0.2183	0.0075	0.121	-0.462	19.419	-3.149
3	2.0395	-1.6566	0.6347	8.9014	-1.0128	2.4648	0.0811	0.0016	-0.1148	0.1351	-0.0629	0.4426	0.1674	-0.3966	-0.0181	0.0202	-0.021	0.0091	0.2079	-0.0046	0.0284	2.616	26.764	1.116
4	6.2126	4.4237	3.7615	3.5241	4.1825	8.7658	0.0221	-0.1979	0.4368	-0.007	-0.2026	0.26	-0.3619	-0.2597	0.1806	0.3816	0.0981	-0.1509	0.1775	0.0098	0.3409	8.499	47.326	4.985
5	7.3298	-1.442	6.8083	0.8355	-0.7362	6.9996	-0.3394	0.0853	0.4314	-0.0739	-0.1108	-0.0223	-0.4485	0.0103	0.4502	0.1539	0.031	-0.0069	0.2097	-0.0293	0.0995	10.318	40.603	4.706
6	0.8975	-1.6091	0.1104	9.78	1.0095	2.262	0.015	-0.1807	-0.07	0.291	0.0206	0.1632	0.3286	-0.2358	-0.0357	0.0815	-0.0333	-0.0007	0.1089	0.0161	0.0273	10.742	21.806	6.157
7	3.681	3.1523	1.3372	10.3004	10.9683	13.1848	0.1868	-0.2831	-0.3264	0.9979	-0.2875	-0.1069	1.1901	-0.155	0.1008	0.5197	0.0298	-0.0231	0.0756	-0.0174	0.0653	17.382	12.448	14.485
8	1.0037	0.841	0.232	4.865	0.0241	1.8886	0.0066	0.0001	0.0636	0.2078	-0.0588	0.1465	-0.1196	0.0218	0.0523	0.0909	0.0294	-0.0007	0.1185	-0.0004	0.0072	19.285	35.316	12.513
9	0.0864	0.6726	0.3406	7.6254	2.8551	2.2274	0.073	0.0124	-0.0344	0.0662	-0.0369	-0.198	0.2787	0.2104	-0.0362	0.1672	0.0502	-0.0384	0.1574	-0.0125	0.0795	24.249	20.993	7.705
10	10.4021	1.5907	1.3204	17.9186	-2.816	16.5429	-0.0112	0.0314	-0.0936	0.0052	-0.0466	-0.0563	0.4465	0.1977	0.0579	0.2249	0.0255	0.0002	0.0312	-0.0511	0.1001	17.337	4.459	0.064
11	0.7797	1.0038	0.3333	7.5638	0.663	1.8896	0.092	0.0843	-0.0353	-0.2232	-0.0945	-0.0381	0.3124	0.1233	0.0025	0.1138	0.0457	-0.0095	0.1428	-0.0151	0.0363	19.22	21.155	-2.213
12	1.6839	-0.0226	-1.0018	3.6428	-0.0733	0.9553	0.0443	0.021	0.0396	0.1214	-0.1033	-0.1483	-0.1994	0.1904	0.059	0.1807	-0.023	-0.0266	0.2058	0.0211	0.0792	21	42.619	-0.543
13	1.1359	0.7173	0.9431	3.6939	0.7717	2.6782	0.0973	0.0629	0.0186	-0.1366	-0.0881	0.1594	0.138	-0.0595	-0.0091	0.0277	0.0141	-0.0023	0.1238	-0.0083	0.0172	11.756	28.953	-5.996
14	8.5085	-7.2591	-0.5897	48.0854	8.0047	9.8817	0.3968	0.5244	-1.4646	-0.4106	-0.0308	0.7233	1.3325	-0.3011	-0.3661	0.5729	0.0163	-0.2471	0.2254	-0.1358	0.3411	7.382	9.541	-8.873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	36 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	56 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	74 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	93 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	99 - 126
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	127 - 149
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	150 - 157
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	158 - 175
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	176 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	192 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	213 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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