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万見
- PDB-3q9y: Crystal structure of human CK2 alpha in complex with Quinalizarin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9y
タイトルCrystal structure of human CK2 alpha in complex with Quinalizarin at pH 8.5
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / regulation of cell cycle / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2,5,8-tetrahydroxyanthracene-9,10-dione / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Battistutta, R. / Ranchio, A. / Papinutto, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and functional analysis of the flexible regions of the catalytic alpha-subunit of protein kinase CK2
著者: Papinutto, E. / Ranchio, A. / Lolli, G. / Pinna, L.A. / Battistutta, R.
履歴
登録2011年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7145
ポリマ－40,1541
非ポリマー5604
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.664, 45.910, 63.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK2alpha / CK II alpha


分子量: 40153.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-TXQ / 1,2,5,8-tetrahydroxyanthracene-9,10-dione / 1,2,5,8-tetrahydroxy-anthraquinone / キナリザリン


分子量: 272.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O6 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1M TrisHCl, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→54.47 Å / Num. all: 27533 / Num. obs: 27533 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.78-1.882.90.6090.51.3789327270.3420.6090.51.862.4
1.88-1.993.50.4230.35721370939140.2240.4230.357394.5
1.99-2.133.50.2730.23131305937090.1450.2730.2315.395.3
2.13-2.33.60.2050.17441243934930.1070.2050.1747.795.9
2.3-2.523.60.1490.1265.41146932100.0790.1490.12611.296.2
2.52-2.813.60.1230.1046.31051429350.0650.1230.10414.796.4
2.81-3.253.50.0990.0837.3925726100.0530.0990.08320.997
3.25-3.983.50.0810.0688.6783222330.0440.0810.06828.397.5
3.98-5.633.50.070.0599.4602317260.0370.070.05933.497.4
5.63-54.4733.40.0540.04511.133409760.030.0540.04534.297.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PVR

2pvr


解像度: 1.8→35.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 1406 5.1 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1867 27519 94.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.54 Å2 / Biso mean: 24.3087 Å2 / Biso min: 8.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å20.41 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 35 224 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9593930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2835332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99523.057157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.53815509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3161526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.51646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79922680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96531252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2734.51248
LS精密化 シェル解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 85 -
Rwork0.308 1654 -
all-1739 -
obs--81.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7822-2.3715-5.68452.05794.951214.8366-0.1626-0.0048-0.187-0.02320.00290.04460.34880.07580.15970.0985-0.00090.01540.01370.02760.10494.609-8.12943.903
212.0144-1.88771.69121.31620.09771.33840.0406-0.4345-0.857-0.09290.05220.40230.2551-0.0599-0.09280.1083-0.0229-0.03170.05840.04460.1688-14.237-9.76949.665
34.68830.0234-0.20392.8427-0.41822.36750.0404-0.057-0.11-0.0676-0.079-0.1943-0.0296-0.03220.03860.02210.0051-0.03010.07940.03930.093-26.37912.07444.392
41.9969-0.87660.59390.4791-0.15580.5784-0.0307-0.2151-0.2707-0.0620.08990.1294-0.0506-0.0699-0.05920.0601-0.0169-0.00720.10210.0490.1086-22.0524.78347.823
54.37260.541-1.16830.3915-0.10970.6975-0.43450.17070.8888-0.33930.33490.1651-0.0333-0.29250.09950.3518-0.0987-0.24330.3414-0.0930.3333-9.2522347.44
60.92390.1399-0.13640.6665-0.04330.6046-0.0215-0.02990.0163-0.10040.02480.0699-0.003-0.0491-0.00320.0925-0.0038-0.01540.07350.00670.07961.4848.13839.508
70.45850.1892-0.08991.29740.14111.03710.0453-0.08240.0506-0.005-0.01830.0015-0.06830.068-0.0270.07160.0014-0.00440.0818-0.00570.084410.33513.79948.502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3A32 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4A79 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5A113 - 129
6X-RAY DIFFRACTION6A130 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7A281 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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