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- PDB-3q9t: Crystal structure analysis of formate oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9t
タイトルCrystal structure analysis of formate oxidase
要素Choline dehydrogenase and related flavoproteins
キーワードOXIDOREDUCTASE / glucose-methanol-choline oxidoreductase family / Formate oxidase / 8-formyl-FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


choline dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Glucose Oxidase; domain 3 / Glucose Oxidase, domain 3 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-FAY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glucose-methanol-choline oxidoreductase N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Doubayashi, D. / Ootake, T. / Maeda, Y. / Oki, M. / Tokunaga, Y. / Sakurai, A. / Nagaosa, Y. / Mikami, B. / Uchida, H.
引用
ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2011
タイトル: Formate oxidase, an enzyme of the glucose-methanol-choline oxidoreductase family, has a His-Arg pair and 8-formyl-FAD at the catalytic site.
著者: Doubayashi, D. / Ootake, T. / Maeda, Y. / Oki, M. / Tokunaga, Y. / Sakurai, A. / Nagaosa, Y. / Mikami, B. / Uchida, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of formate oxidase, an enzyme of the glucose-methanol-choline oxidoreductase family
著者: Maeda, Y. / Doubayashi, D. / Ootake, T. / Oki, M. / Mikami, B. / Uchida, H.
履歴
登録2011年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
B: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
C: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,86911
ポリマ－192,9503
非ポリマー2,9188
水16,214900
1
A: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
ヘテロ分子

A: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,82310
ポリマ－128,6342
非ポリマー2,1908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
B: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
C: Choline dehydrogenase and related flavoproteins
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,4576
ポリマ－128,6342
非ポリマー1,8234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.679, 156.019, 184.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-592-

HOH

21A-663-

HOH

31A-793-

HOH

41A-806-

HOH

51A-811-

HOH

61A-832-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Choline dehydrogenase and related flavoproteins


分子量: 64316.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株: RIB40 / 遺伝子: AO090012000349 / プラスミド: pET-FOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2UD26

-
非ポリマー , 6種, 908分子

#2: 化合物 ChemComp-FAY / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-(8-formyl-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl)-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate / 8-FORMYL-FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 799.533 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N9O16P2
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 6% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→50 Å / Num. all: 108042 / Num. obs: 106962 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 31.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 4838 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GAL

1gal


解像度: 2.24→49.525 Å / FOM work R set: 0.8133 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 5333 5.01 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1865 106543 98.35 %-
all-108330 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.372 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.6813 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4194 Å20 Å20 Å2
2---0.2271 Å20 Å2
3---1.6465 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→49.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13581 0 197 900 14678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714290
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19219441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2195363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2403-2.26580.33451550.26492816X-RAY DIFFRACTION82
2.2658-2.29240.29931560.23943133X-RAY DIFFRACTION92
2.2924-2.32040.36121570.26153180X-RAY DIFFRACTION94
2.3204-2.34980.34311470.25453299X-RAY DIFFRACTION96
2.3498-2.38070.35371870.26363273X-RAY DIFFRACTION98
2.3807-2.41330.32421900.2493370X-RAY DIFFRACTION99
2.4133-2.44780.34951760.24983414X-RAY DIFFRACTION99
2.4478-2.48430.30151800.23133371X-RAY DIFFRACTION100
2.4843-2.52310.28871880.23363377X-RAY DIFFRACTION99
2.5231-2.56450.30932000.22783368X-RAY DIFFRACTION100
2.5645-2.60870.28361870.21543373X-RAY DIFFRACTION100
2.6087-2.65610.27511900.22083405X-RAY DIFFRACTION100
2.6561-2.70720.26471670.22323384X-RAY DIFFRACTION100
2.7072-2.76250.29061750.22083416X-RAY DIFFRACTION99
2.7625-2.82250.27651710.22033392X-RAY DIFFRACTION99
2.8225-2.88820.31031950.233388X-RAY DIFFRACTION100
2.8882-2.96040.27781700.22123390X-RAY DIFFRACTION100
2.9604-3.04040.2191640.20033428X-RAY DIFFRACTION100
3.0404-3.12990.27861910.20413408X-RAY DIFFRACTION100
3.1299-3.23090.26152050.19643368X-RAY DIFFRACTION100
3.2309-3.34630.22671890.18573439X-RAY DIFFRACTION100
3.3463-3.48030.23311500.18123416X-RAY DIFFRACTION99
3.4803-3.63860.2311700.17773439X-RAY DIFFRACTION100
3.6386-3.83040.19661910.16173428X-RAY DIFFRACTION100
3.8304-4.07030.19351490.14713458X-RAY DIFFRACTION99
4.0703-4.38440.1961970.13143429X-RAY DIFFRACTION100
4.3844-4.82530.14032240.12173426X-RAY DIFFRACTION100
4.8253-5.52270.19031800.14123485X-RAY DIFFRACTION100
5.5227-6.9550.23421560.16193530X-RAY DIFFRACTION100
6.955-49.53730.14131760.13273607X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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