PDB-3q9i: LVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q9i

タイトル

LVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membered macrocycle scaffold, bromide derivative

要素

Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

キーワード

PROTEIN FIBRIL / beta sheet tetramer / beta strand

機能・相同性

ISOPROPYL ALCOHOL

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Liu, C. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D. / Nowick, J.S. / Cheng, P. / Zheng, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Characteristics of Amyloid-Related Oligomers Revealed by Crystal Structures of Macrocyclic beta-Sheet Mimics.
著者: Liu, C. / Sawaya, M.R. / Cheng, P.N. / Zheng, J. / Nowick, J.S. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2011年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q9i.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q9i.ent.gz	43.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q9i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q9i_validation.pdf.gz	478.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q9i_full_validation.pdf.gz	487.3 KB	表示
XML形式データ	3q9i_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	3q9i_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/3q9i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q9gC 3q9hC 3q9jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q9h-1 5d54-d 2mpi-d 3i3z-d 2kqq-d 6x4x-d 5d52-d 1tyl-1 1t1k-d 5fb6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

B: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

C: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

D: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

E: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

F: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

G: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

H: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

ヘテロ分子

11.7 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

B: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

C: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

D: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.94 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

B: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

E: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

F: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.82 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

D: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

G: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

H: Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.87 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.980, 58.980, 128.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic pseudo-peptide LV(4BF)FA(ORN)(HAO)LK(ORN) 分子量: 1380.450 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成詳細: LVFFA segment from Alzheimer's Amyloid-Beta displayed on 42-membered macrocycle scaffold
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.17 mM calcium chloride dehydrate, 20% (v/v) 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→80 Å / Num. obs: 16219 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	14	0.478	1	100
2.07-2.15	14	0.345	1	100
2.15-2.25	13.9	0.283	1	100
2.25-2.37	13.9	0.232	1	100
2.37-2.52	13.8	0.162	1	100
2.52-2.71	13.8	0.122	1	100
2.71-2.99	13.7	0.1	1	100
2.99-3.42	13.4	0.068	1	100
3.42-4.31	13	0.044	1	99.9
4.31-80	12.4	0.037	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.99→53.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.47 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21827	808	5 %	RANDOM
R_work	0.19581	-	-	-
obs	0.19682	15269	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→53.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	744	0	33	43	820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	789
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.16	2.515	933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	3	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.74	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.177	20	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.045	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.785	1.5	296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.669	1.5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.458	2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.744	3	493
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.75	4.5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	71	-
R_work	0.228	1033	-
obs	-	-	94.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3035	0.1829	-0.5585	6.5261	0.3077	3.5755	-0.128	0.0227	-0.1169	-0.0932	0.0416	-0.1005	0.1916	-0.152	0.0864	0.0268	-0.0086	0.0299	0.0694	0.0091	0.0435	1.967	6.133	15.172
2	0.0171	0.0605	-0.1871	4.9041	0.7705	2.898	-0.0378	-0.0725	-0.0383	0.0783	-0.1668	0.0876	0.3074	0.42	0.2045	0.0428	0.0689	0.0408	0.1484	0.0776	0.0494	3.626	4.197	24.21
3	1.2541	-0.8951	0.1675	5.576	-0.4379	4.182	-0.0773	-0.2388	-0.1308	-0.1307	-0.0528	0.0359	-0.0029	0.1824	0.1301	0.0111	0.02	0.0114	0.0891	0.0257	0.0223	11.596	9.467	17.731
4	3.6092	-2.6691	-1.4647	5.8193	0.2567	2.5035	-0.0407	0.138	-0.0354	-0.1353	0.0452	-0.038	0.1818	-0.2401	-0.0045	0.025	-0.0183	0.0089	0.0636	-0.0059	0.0104	7.717	9.834	9.04
5	1.2326	0.1164	0.191	2.2266	-0.1842	2.0893	-0.0306	0.0851	0.0838	-0.0126	0.0824	0.0123	-0.0303	0.0822	-0.0517	0.0081	0.0002	0.0036	0.0891	0.0085	0.021	-5.357	13.414	20.919
6	1.3842	1.2795	1.2659	3.2352	1.1584	5.637	-0.0642	-0.1733	-0.0448	0.053	-0.1641	0.0046	-0.0168	-0.0195	0.2283	0.0204	0.0124	0.0099	0.0995	0.0204	0.0187	-2.095	8.393	28.79
7	2.7865	-1.9729	1.5796	2.0849	-1.8338	2.8877	-0.1174	0.1527	0.0405	-0.0203	-0.0125	-0.0228	0.0447	-0.0254	0.1299	0.0289	0.0005	0.0018	0.0747	0.0118	0.0123	11.897	15.654	4.927
8	3.0881	-1.0308	0.9984	2.1271	0.5605	1.8082	-0.0703	-0.1455	0.1078	-0.0157	0.0397	0.0028	-0.1053	0.0517	0.0306	0.0063	0.0016	-0.0008	0.0632	0.004	0.008	17.375	18.386	12.702
9	33.4944	-0.5827	30.6492	-0.1968	6.6751	160.2392	0.0001	-1.093	1.1196	0.0179	0.0633	-0.0605	0.785	0.2509	-0.0634	0.14	0.0133	-0.0146	0.2125	-0.0271	0.1523	7.705	19.977	12.671
10	1.5162	0.2663	-0.5632	0.1823	-0.2383	0.3295	0.0077	0.0689	-0.0126	0.0523	-0.0121	0.0002	-0.0405	0.0079	0.0044	0.0673	0.0387	-0.0077	0.0532	-0.0092	0.0023	10.33	16.297	11.244
11	72.321	-70.5391	-0.5421	133.5011	41.2374	31.475	-2.1524	-1.3067	0.8685	-0.994	1.3723	2.256	-0.3632	1.6571	0.7801	0.4442	0.123	-0.2019	0.3713	-0.1136	0.3162	3.746	15.242	24.23

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 9
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 9
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 9
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 9
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 9
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 9
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	G	11 - 26
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)