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- PDB-3q9c: Crystal Structure of H159A APAH complexed with N8-acetylspermidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9c
タイトルCrystal Structure of H159A APAH complexed with N8-acetylspermidine
要素Acetylpolyamine amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / HDAC / polyamine / Arginase Fold / Deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylspermidine deacetylase / acetylspermidine deacetylase activity / acetylputrescine deacetylase / acetylputrescine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase activity / epigenetic regulation of gene expression / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}acetamide / Acetylpolyamine amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplana ramosa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lombardi, P.M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of prokaryotic polyamine deacetylase reveals evolutionary functional relationships with eukaryotic histone deacetylases .
著者: Lombardi, P.M. / Angell, H.D. / Whittington, D.A. / Flynn, E.F. / Rajashankar, K.R. / Christianson, D.W.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylpolyamine amidohydrolase
B: Acetylpolyamine amidohydrolase
C: Acetylpolyamine amidohydrolase
D: Acetylpolyamine amidohydrolase
E: Acetylpolyamine amidohydrolase
F: Acetylpolyamine amidohydrolase
G: Acetylpolyamine amidohydrolase
H: Acetylpolyamine amidohydrolase
I: Acetylpolyamine amidohydrolase
J: Acetylpolyamine amidohydrolase
K: Acetylpolyamine amidohydrolase
L: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,41260
ポリマ－435,63512
非ポリマー3,77748
水31,5621752
1
A: Acetylpolyamine amidohydrolase
I: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22210 Å2
手法PISA
2
B: Acetylpolyamine amidohydrolase
F: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
3
C: Acetylpolyamine amidohydrolase
K: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
4
D: Acetylpolyamine amidohydrolase
J: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22140 Å2
手法PISA
5
E: Acetylpolyamine amidohydrolase
H: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
6
G: Acetylpolyamine amidohydrolase
L: Acetylpolyamine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,23510
ポリマ－72,6062
非ポリマー6308
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.461, 120.154, 118.448
Angle α, β, γ (deg.)98.470, 94.410, 115.890
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Acetylpolyamine amidohydrolase


分子量: 36302.926 Da / 分子数: 12 / 変異: H159A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycoplana ramosa (バクテリア) / 遺伝子: aphA, aph / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q48935

-
非ポリマー , 5種, 1800分子

#2: 化合物
ChemComp-Q9C / N-{4-[(3-aminopropyl)amino]butyl}acetamide / N8-acetylspermidine / N8-アセチルスペルミジン


分子量: 187.283 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H21N3O
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1752 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.0 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M CAPS pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: Kirpatrick Baez focusing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 252823 / Num. obs: 219596 / % possible obs: 86.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 7.472
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2.059 / Num. unique all: 21913 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
APS-24IDCIn House Programデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3Q9F

3q9f


解像度: 2.3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 21958 8.7 %random
Rwork0.1859 ---
all0.1859 252823 --
obs0.1859 219596 86.9 %-
溶媒の処理Bsol: 47.0561 Å2
原子変位パラメータBiso max: 105.52 Å2 / Biso mean: 25.677 Å2 / Biso min: 4.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.189 Å20.925 Å2-3.878 Å2
2--0.083 Å22.709 Å2
3----3.272 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30756 0 192 1752 32700
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.217
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9752
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9182.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 1375 -
Rwork0.2455 --
obs-12714 56 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5unkedit.parunkedit.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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