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- PDB-3q90: Crystal structure of the NTF2 domain of Ras GTPase-activating pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q90
タイトルCrystal structure of the NTF2 domain of Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
要素Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / NTF2-like (a+b proteins) / Protein Binding and Helicase / Protein (Ras GTPase-activating protein) / DNA and RNA binding / plasma membrane / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon ...DNA/RNA helicase activity / positive regulation of stress granule assembly / ribosomal small subunit binding / positive regulation of type I interferon production / stress granule assembly / DNA helicase activity / molecular condensate scaffold activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / perikaryon / endonuclease activity / defense response to virus / DNA helicase / Ras protein signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / focal adhesion / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif ...G3BP1, RNA recognition motif / Ras GTPase-activating protein-binding protein / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. ...Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kol, S. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van Der Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the NTF2 domain of Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
著者: Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. ...著者: Welin, M. / Tresaugues, L. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Ekblad, T. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kol, S. / Kotenyova, T. / Kouznetsova, E. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Thorsell, A.G. / Van Der Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1
B: Ras GTPase-activating protein-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9722
ポリマ－31,9722
非ポリマー00
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.850, 71.410, 88.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras GTPase-activating protein-binding protein 1 / G3BP-1 / ATP-dependent DNA helicase VIII / hDH VIII / GAP SH3 domain-binding protein 1


分子量: 15986.153 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G3BP, G3BP1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q13283, DNA helicase, RNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% w/v PEG3350, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M BIS-TRIS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: horizontally side diffracting Silicon 111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 30636 / Num. obs: 30582 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.17 % / Biso Wilson estimate: 22.39 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.17
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.67 % / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique all: 4585 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z02

1z02


解像度: 1.7→44.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9302 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 1530 5 %RANDOM
Rwork0.2138 ---
obs0.215 30581 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5001 Å20 Å20 Å2
2--2.0279 Å20 Å2
3----4.528 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.239 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 0 119 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120982
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9828402
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d9632
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes552
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3115
X-RAY DIFFRACTIONt_it209820
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2575
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact23994
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2585 147 5.02 %
Rwork0.2029 2780 -
all0.2056 2927 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59470.38130.24190.5268-0.21532.29270.00340.023-0.00340.0368-0.03120.12840.0214-0.11530.0278-0.05870.0082-0.0136-0.0442-0.0219-0.004319.370948.17778.1036
22.51241.19421.50260.91010.23153.7204-0.13570.42850.066-0.2425-0.0362-0.06150.19640.4150.1719-0.09240.020.0176-0.020.0226-0.097729.31747.919958.2965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|41 A|52 - A|137 }A7 - 41
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|41 A|52 - A|137 }A52 - 137
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|46 B|51 - B|117 B|124 - B|139 }B0 - 46
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|46 B|51 - B|117 B|124 - B|139 }B51 - 117
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - B|46 B|51 - B|117 B|124 - B|139 }B124 - 139

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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