PDB-3q7z: CBAP-acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q7z

タイトル

CBAP-acylated BlaR1 sensor domain from Staphylococcus aureus

要素

Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

キーワード

HYDROLASE REGULATOR/ANTIBIOTIC / antibiotic-binding / MRSA / antibiotic-binding-antibiotic complex / HYDROLASE REGULATOR-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Borbulevych, O.Y. / Mobashery, S. / Baker, B.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Lysine Nzeta-decarboxylation switch and activation of the beta-lactam sensor domain of BlaR1 protein of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Borbulevych, O. / Kumarasiri, M. / Wilson, B. / Llarrull, L.I. / Lee, M. / Hesek, D. / Shi, Q. / Peng, J. / Baker, B.M. / Mobashery, S.

履歴

登録	2011年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q7z.cif.gz	219.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q7z.ent.gz	184 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q7z_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q7z_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3q7z_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	3q7z_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/3q7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q7vC 3q81C 3q82C 1xa1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xa7-1 3q82-2 3q81-2 3q81-1 3q7v-1 1xa7-2 1xa1-4 4awn-d 6xbq-1 3uy6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

B: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.690, 107.197, 56.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase regulatory protein BlaR1 / Bla regulator protein blaR1 分子量: 29585.252 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 332-583 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1, VRA0048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WU28
#2: 化合物	ChemComp-BOU / (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2'-carboxybiphenyl-2-yl)carbonyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / CBAP, open form / benzoyl-6-amino penicilloic acid, open form 分子量: 442.485 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₂O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000 30%, TRIS 0.1M, NH4SSO4 0.2M, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日

放射

モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→20 Å / Num. all: 43364 / Num. obs: 43148 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Χ²: 1.341 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.87-1.9	3.8	0.635	2154	1.223	1	100
1.9-1.94	3.8	0.551	2156	1.295	1	100
1.94-1.97	3.8	0.476	2139	1.257	1	100
1.97-2.01	3.8	0.384	2200	1.325	1	100
2.01-2.06	3.8	0.315	2129	1.327	1	100
2.06-2.11	3.8	0.269	2173	1.382	1	100
2.11-2.16	3.8	0.231	2169	1.371	1	100
2.16-2.22	3.8	0.196	2156	1.417	1	100
2.22-2.28	3.8	0.172	2141	1.451	1	100
2.28-2.36	3.8	0.155	2181	1.428	1	100
2.36-2.44	3.8	0.128	2182	1.379	1	100
2.44-2.54	3.8	0.11	2141	1.423	1	100
2.54-2.65	3.8	0.093	2159	1.334	1	100
2.65-2.79	3.8	0.076	2171	1.34	1	100
2.79-2.97	3.8	0.068	2176	1.292	1	100
2.97-3.19	3.8	0.057	2158	1.328	1	100
3.19-3.51	3.8	0.049	2183	1.367	1	99.9
3.51-4.02	3.8	0.043	2169	1.432	1	99.3
4.02-5.05	3.7	0.043	2117	1.177	1	96.9
5.05-20	3.6	0.045	2094	1.257	1	94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
DENZO		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / WR_factor R_free: 0.2296 / WR_factor R_work: 0.1813 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 7.944 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.1536 / SU R_free: 0.1441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2288	2167	5 %	RANDOM, 5%
R_work	0.1831	-	-	-
all	0.1854	43420	-	-
obs	0.1854	43117	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.55 Å² / B_iso mean: 36.225 Å² / B_iso min: 13.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.11 Å²	0 Å²	-1.83 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4172	0	62	226	4460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.951	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.166	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.408	25.225	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.333	15	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.301	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.275	2	4034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	3	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.41	4.5	1840

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	151	-
R_work	0.234	2905	-
all	-	3056	-
obs	-	-	96.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.418	-0.0592	0.7096	2.1607	0.0704	1.8976	0.03	-0.0241	0.0807	0.0638	-0.015	0.0491	-0.0214	-0.0328	-0.0149	0.0208	0	0.0171	0.0229	-0.0047	0.0164	-5.888	-0.533	23.378
2	1.383	-0.0035	0.3049	2.1636	-0.5838	3.059	-0.0163	0.0767	-0.1251	-0.0753	-0.0905	-0.0217	0.1235	0.1617	0.1067	0.066	0.0069	0.0049	0.0647	0.0069	0.0629	-17.542	-24.688	-1.317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	332 - 583
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	332 - 583

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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