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- PDB-3q7t: 2.15A resolution structure (I41 Form) of the ChxR receiver domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7t
タイトル2.15A resolution structure (I41 Form) of the ChxR receiver domain from Chlamydia trachomatis
要素Transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / ChxR / receiver domain / transcription factor / OmpR / Chlamydia
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical response regulator protein ChxR / Transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hickey, J. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hu, L. / Middaugh, C.R. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: The atypical response regulator protein ChxR has structural characteristics and dimer interface interactions that are unique within the OmpR/PhoB subfamily.
著者: Hickey, J.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hu, L. / Middaugh, C.R. / Hefty, P.S.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein
B: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5674
ポリマ－28,5212
非ポリマー462
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.720, 53.720, 190.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-114-

NA

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein


分子量: 14260.336 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / 遺伝子: CTLon_0888 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0BA84, UniProt: A0A0H3MDW1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 4 M NaCl, 5 % isopropanol, 0.1 M Na/K Phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29.67 Å / Num. obs: 14560 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8.6 / Scaling rejects: 407
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2
2.15-2.233.610.4292.5533814691.16
2.23-2.323.60.3413.3527314541.18
2.32-2.423.650.2773.7522014231.06
2.42-2.553.680.2614.1541614651.01
2.55-2.713.680.2224.8536314470.98
2.71-2.923.720.1735.8548014640.91
2.92-3.213.750.1178.2541914400.83
3.21-3.683.750.0910.9549514550.79
3.68-4.633.760.05718.8557914670.76
4.63-29.653.710.04622.9554914710.84

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.26 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.67 Å
Translation2.5 Å29.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.9.3Lデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→29.67 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.57 / FOM work R set: 0.8423 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 23.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2469 733 5.04 %
Rwork0.205 13825 -
obs0.2071 14558 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.465 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.6 Å2 / Biso mean: 40.0925 Å2 / Biso min: 18.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0818 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.0818 Å20 Å2
3---0.1637 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 2 41 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0792266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.801612
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.1502-2.31620.28571610.247527552916
2.3162-2.54920.2421410.220627542895
2.5492-2.91780.28151540.21727582912
2.9178-3.6750.23511380.202627652903
3.675-29.67450.2291390.18927932932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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