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- PDB-3q7l: Crystal structure of the E2 domain of amyloid precursor-like protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q7l
タイトルCrystal structure of the E2 domain of amyloid precursor-like protein 1
要素Amyloid-like protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / APLP1 E2 domain / Alzheimer's disease / Heparin
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-2B adrenergic receptor binding / cellular response to norepinephrine stimulus / alpha-2C adrenergic receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytosolic mRNA polyadenylation / transition metal ion binding / basement membrane / forebrain development / axonogenesis ...alpha-2B adrenergic receptor binding / cellular response to norepinephrine stimulus / alpha-2C adrenergic receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytosolic mRNA polyadenylation / transition metal ion binding / basement membrane / forebrain development / axonogenesis / extracellular matrix organization / central nervous system development / animal organ morphogenesis / endocytosis / regulation of translation / heparin binding / nervous system development / cell adhesion / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amyloid precursor protein, E2 domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. ...Amyloid precursor protein, E2 domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid beta precursor like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xue, Y. / Ha, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the E2 Domain of Amyloid Precursor Protein-like Protein 1 in Complex with Sucrose Octasulfate.
著者: Xue, Y. / Lee, S. / Wang, Y. / Ha, Y.
履歴
登録2011年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32011年9月7日Group: Database references
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid-like protein 1
B: Amyloid-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8684
ポリマ－49,6762
非ポリマー1922
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.953, 83.045, 89.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Amyloid-like protein 1 / APLP / APLP-1 / C30


分子量: 24838.010 Da / 分子数: 2 / 断片: APLP1 E2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APLP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51693
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M bis-tris, 0.2 M Li2SO4, 25 mM ATP, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 28355 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 22 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 12.981 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25646 2712 9.9 %RANDOM
Rwork0.21581 ---
obs0.21986 24713 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2955 0 10 283 3248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0213034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0391.9474113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.8125389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.75623.699146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.99715499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9011529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.381.51953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.75123096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.84131081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.9444.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 188 -
Rwork0.217 1737 -
obs--93.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5128-0.1108-0.02590.5238-0.63480.8322-0.1436-0.06750.09190.16040.0732-0.0586-0.1247-0.05070.07040.22130.0569-0.04510.0947-0.00360.127216.049-22.826838.3853
21.16850.9425-1.29241.4787-1.64731.9491-0.15630.0728-0.17420.017-0.0419-0.12010.0381-0.02140.19830.14230.07390.05850.1489-0.01120.123936.346-56.692940.0057
30.9767-0.43510.54170.5277-0.08220.38570.05170.10940.0734-0.0165-0.0992-0.0673-0.00360.00790.04750.12370.073900.19840.03430.101136.0816-44.512921.0609
41.95950.39631.36111.13780.03711.02180.05480.05910.18130.0371-0.11410.30560.07340.10450.05930.11110.0306-0.00740.0933-0.00990.20453.069-22.211619.6106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A292 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2A380 - 486
3X-RAY DIFFRACTION3B292 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4B380 - 487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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