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- PDB-3q6s: The crystal structure of the heterochromatin protein 1 beta chrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q6s
タイトルThe crystal structure of the heterochromatin protein 1 beta chromoshadow domain complexed with a peptide from Shugoshin 1
要素
  • Chromobox protein homolog 1
  • Shugoshin-like 1
キーワードCELL CYCLE / INCENP / heterochromatin / centromere
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / centriole-centriole cohesion / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage ...mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / centriole-centriole cohesion / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / male pronucleus / female pronucleus / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / methylated histone binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / kinase binding / heterochromatin formation / kinetochore / spindle pole / spindle / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / chromosome, telomeric region / nuclear body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shugoshin, C-terminal / Shugoshin, N-terminal coiled-coil domain / Shugoshin / Shugoshin C terminus / Shugoshin N-terminal coiled-coil region / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup ...Shugoshin, C-terminal / Shugoshin, N-terminal coiled-coil domain / Shugoshin / Shugoshin C terminus / Shugoshin N-terminal coiled-coil region / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 1 / Shugoshin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Chaudhary, J. / Yu, H.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2011
タイトル: Mitotic centromeric targeting of HP1 and its binding to Sgo1 are dispensable for sister-chromatid cohesion in human cells.
著者: Kang, J. / Chaudhary, J. / Dong, H. / Kim, S. / Brautigam, C.A. / Yu, H.
履歴
登録2011年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 1
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromobox protein homolog 1
D: Chromobox protein homolog 1
E: Shugoshin-like 1
F: Shugoshin-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2416
ポリマ－40,2416
非ポリマー00
水2,846158
1
A: Chromobox protein homolog 1
D: Chromobox protein homolog 1
F: Shugoshin-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1213
ポリマ－20,1213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
2
B: Chromobox protein homolog 1
C: Chromobox protein homolog 1
E: Shugoshin-like 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1213
ポリマ－20,1213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area8690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.816, 108.893, 41.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

HOH

21D-67-

HOH

31D-187-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 1 / HP1Hsbeta / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Heterochromatin protein p25 / M31 / ...HP1Hsbeta / Heterochromatin protein 1 homolog beta / HP1 beta / Heterochromatin protein p25 / M31 / Modifier 1 protein / p25beta


分子量: 8972.989 Da / 分子数: 4 / 断片: chromoshadow domain, residues 108-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX1, CBX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P83916
#2: タンパク質・ペプチド Shugoshin-like 1 / hSgo1 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-85


分子量: 2174.629 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 445-463 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized peptide / 参照: UniProt: Q5FBB7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M Bis-tris, 0.2 M NaCl, 21% (w/v) PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9789112 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→62.8 Å / Num. all: 26940 / Num. obs: 26940 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -1000
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→38.408 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 1321 5.08 %random
Rwork0.1902 ---
obs0.1922 26029 95.47 %-
all-26940 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.41 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5051 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.9485 Å20 Å2
3----1.5565 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→38.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 0 158 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3183306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.755916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9291-2.00640.30271000.21532198X-RAY DIFFRACTION77
2.0064-2.09770.2451360.2082617X-RAY DIFFRACTION92
2.0977-2.20830.24551440.19722715X-RAY DIFFRACTION96
2.2083-2.34660.23731410.18582764X-RAY DIFFRACTION97
2.3466-2.52770.25611680.19742763X-RAY DIFFRACTION98
2.5277-2.7820.2831590.20912839X-RAY DIFFRACTION99
2.782-3.18440.21991720.20042844X-RAY DIFFRACTION100
3.1844-4.01140.21321550.17252915X-RAY DIFFRACTION100
4.0114-38.41560.20171460.18593053X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6168-0.0798-0.54392.08680.79891.5573-0.0501-0.0230.0663-0.26620.1356-0.305-0.0483-0.1543-0.07730.08860.01330.01920.089-0.0230.11083.417913.137715.831
20.51420.11920.16830.21410.1280.2712-0.05260.03-0.12880.07410.00340.04920.0455-0.02580.03640.1619-0.0598-0.00520.15660.01310.186323.589622.191333.1886
30.4426-0.32470.39720.8106-0.03540.4364-0.053-0.0441-0.02470.0159-0.06330.2166-0.0696-0.0650.09790.0743-0.01020.00540.1367-0.05770.27128.540431.384724.7845
41.10690.0911-0.73981.0583-0.81761.0334-0.2607-0.41060.16620.44870.42510.0309-0.08660.1572-0.02760.17620.13440.07070.08210.183-0.0758-9.274810.531129.9087
50.7031-0.8360.56921.038-0.60030.9374-0.0715-0.02570.0584-0.04890.1796-0.22880.0854-0.0887-0.08730.1754-0.01470.00340.2038-0.05360.362217.823120.022417.1927
61.92441.7297-2.49054.0506-3.08393.84240.0583-0.26710.10660.3245-0.0657-0.1084-0.14130.2869-0.01720.14030.01580.00360.1314-0.01570.1252-6.338225.20322.4307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B
3X-RAY DIFFRACTION3Chain C
4X-RAY DIFFRACTION4Chain D
5X-RAY DIFFRACTION5Chain E
6X-RAY DIFFRACTION6Chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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