PDB-3q6p: Salivary protein from Lutzomyia longipalpis. Selenomethionine der...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6p

タイトル

Salivary protein from Lutzomyia longipalpis. Selenomethionine derivative

要素

43.2 kDa salivary protein

キーワード

PROTEIN BINDING / ligand binding protein / beta propeller / ligand binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Lutzomyia longipalpis (昆虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X. / Chang, B.W. / Collin, N. / Valenzuela, J.G. / Ribeiro, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and function of a "yellow" protein from saliva of the sand fly Lutzomyia longipalpis that confers protective immunity against Leishmania major infection.
著者: Xu, X. / Oliveira, F. / Chang, B.W. / Collin, N. / Gomes, R. / Teixeira, C. / Reynoso, D. / My Pham, V. / Elnaiem, D.E. / Kamhawi, S. / Ribeiro, J.M. / Valenzuela, J.G. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2011年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6p.cif.gz	314.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6p.ent.gz	260.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q6p_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q6p_full_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示
XML形式データ	3q6p_validation.xml.gz	28.2 KB	表示
CIF形式データ	3q6p_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q6kC 3q6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q6k-2 3q6k-1 3q6t-2 3q6t-1 4x0v-8 6ier-d 3qc2-2 4x0v-7 1u4c-2 4x0v-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 43.2 kDa salivary protein

B: 43.2 kDa salivary protein

ヘテロ分子

87.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 43.2 kDa salivary protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 43.2 kDa salivary protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.355, 120.355, 248.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: タンパク質	43.2 kDa salivary protein 分子量: 43635.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 19-399 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lutzomyia longipalpis (昆虫) / 遺伝子: LJM-11, LJM11_Clu9 / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5WPU9
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 10 % PEG 6000, 0.1 M sodium citrate, 6 mM Nickel chloride, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 12.5 % / Av σ(I) over netI: 51.32 / 数: 653588 / R_merge(I) obs: 0.094 / Χ²: 2.27 / D res high: 2.75 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 52208 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.45	40	99.7	1	0.035	2.785	11.8
5.92	7.45	100	1	0.047	2.879	11.5
5.17	5.92	100	1	0.056	3.47	11.8
4.7	5.17	100	1	0.059	3.552	11.7
4.36	4.7	100	1	0.059	3.304	12.1
4.11	4.36	100	1	0.061	2.858	12.4
3.9	4.11	100	1	0.066	2.532	12.5
3.73	3.9	100	1	0.08	2.409	12.6
3.59	3.73	100	1	0.092	2.254	12.7
3.46	3.59	100	1	0.104	2.086	12.8
3.36	3.46	100	1	0.125	1.894	12.8
3.26	3.36	100	1	0.147	1.764	12.8
3.17	3.26	100	1	0.184	1.698	12.9
3.1	3.17	100	1	0.217	1.65	12.9
3.03	3.1	100	1	0.277	1.718	12.9
2.96	3.03	100	1	0.328	1.685	12.9
2.9	2.96	100	1	0.378	1.671	12.9
2.85	2.9	100	1	0.503	1.794	12.9
2.8	2.85	100	1	0.576	1.816	12.9
2.75	2.8	100	1	0.711	2.031	12.9

反射

解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 52208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.8	12.9	0.711	1	100
2.8-2.85	12.9	0.576	1	100
2.85-2.9	12.9	0.503	1	100
2.9-2.96	12.9	0.378	1	100
2.96-3.03	12.9	0.328	1	100
3.03-3.1	12.9	0.277	1	100
3.1-3.17	12.9	0.217	1	100
3.17-3.26	12.9	0.184	1	100
3.26-3.36	12.8	0.147	1	100
3.36-3.46	12.8	0.125	1	100
3.46-3.59	12.8	0.104	1	100
3.59-3.73	12.7	0.092	1	100
3.73-3.9	12.6	0.08	1	100
3.9-4.11	12.5	0.066	1	100
4.11-4.36	12.4	0.061	1	100
4.36-4.7	12.1	0.059	1	100
4.7-5.17	11.7	0.059	1	100
5.17-5.92	11.8	0.056	1	100
5.92-7.45	11.5	0.047	1	100
7.45-40	11.8	0.035	1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 28.055 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.965 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26107	1425	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19654	-	-	-
obs	0.19972	26785	99.28 %	-
all	-	28420	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	-0.2 Å²	0 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6112	0	13	65	6190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.959	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.954	5	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.163	23.425	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.886	15	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.917	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.59	1.5	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.791	3	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.014	4.5	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.755→2.826 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.397	104	-
R_work	0.242	1889	-
obs	-	-	96.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8924	0.0267	0.141	1.628	-0.1901	0.9037	-0.0434	0.0496	-0.021	0.2246	0.1601	-0.1235	0.0416	0.0826	-0.1167	0.4035	0.14	-0.1838	0.09	-0.0575	0.2159	82.9907	13.2546	31.8762
2	0.9034	-0.2054	-0.1797	0.7395	0.2049	1.3023	-0.2286	-0.0452	-0.0017	-0.0575	-0.0326	0.0204	0.0648	0.0591	0.2613	0.4599	0.1728	0.0858	0.0715	0.0655	0.2371	84.0878	-30.7649	12.0042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 381
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	382 - 414
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 381
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	382
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	383 - 414

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)