PDB-3q6n: Crystal Structure of Human MC-HSP90 in P21 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6n

タイトル

Crystal Structure of Human MC-HSP90 in P21 space group

要素

Heat shock protein HSP 90-alpha

Heat shock response

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

three domains / trimer of dimer /

hexamer (オリゴマー)

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm mitochondrial sheath /

dATP binding / Scavenging by Class F Receptors /

sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity ...sperm mitochondrial sheath /

dATP binding / Scavenging by Class F Receptors /

sulfonylurea receptor binding / CTP binding / positive regulation of protein polymerization / vRNP Assembly / UTP binding / sperm plasma membrane / positive regulation of tau-protein kinase activity / protein insertion into mitochondrial outer membrane /

chaperone-mediated autophagy /

telomerase holoenzyme complex assembly / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Uptake and function of diphtheria toxin / mitochondrial transport / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib /

Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / TPR domain binding /

non-chaperonin molecular chaperone ATPase / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / dendritic growth cone / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / regulation of protein ubiquitination / skeletal muscle contraction / positive regulation of cell size / HSF1-dependent transactivation / telomere maintenance via telomerase / response to unfolded protein / chaperone-mediated protein complex assembly / protein unfolding / HSF1 activation / regulation of protein-containing complex assembly / Attenuation phase / RHOBTB2 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / eNOS activation / axonal growth cone /

DNA polymerase binding / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / positive regulation of cardiac muscle contraction / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of telomerase activity / Signaling by ERBB2 / positive regulation of defense response to virus by host / endocytic vesicle lumen / response to salt stress / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / activation of innate immune response / nitric-oxide synthase regulator activity / response to cold / positive regulation of interferon-beta production / lysosomal lumen / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / AURKA Activation by TPX2 / ESR-mediated signaling /

protein tyrosine kinase binding / VEGFR2 mediated vascular permeability / response to cocaine / brush border membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants /

neuron migration / Constitutive Signaling by EGFRvIII / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Signaling by ERBB2 ECD mutants / tau protein binding / Signaling by ERBB2 KD Mutants / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to virus / Downregulation of ERBB2 signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway /

histone deacetylase binding / Aggrephagy / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of protein import into nucleus / response to estrogen / positive regulation of protein catabolic process / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint /

regulation of protein localization / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process /

Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / disordered domain specific binding / unfolded protein binding /

メラノソーム
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Lee, C.C. / Lin, T.W. / Ko, T.P. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The hexameric structures of human heat shock protein 90
著者: Lee, C.C. / Lin, T.W. / Ko, T.P. / Wang, A.H.-J.

履歴

登録	2011年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6n.cif.gz	905 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6n.ent.gz	761.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6n	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (12)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (6)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (3)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock protein HSP 90-alpha

B: Heat shock protein HSP 90-alpha

C: Heat shock protein HSP 90-alpha

D: Heat shock protein HSP 90-alpha

E: Heat shock protein HSP 90-alpha

F: Heat shock protein HSP 90-alpha

ヘテロ分子

315 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.897, 90.868, 167.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Heat shock protein HSP 90-alpha / Heat shock response / Heat shock 86 kDa / HSP 86 / HSP86 / Renal carcinoma antigen NY-REN-38 分子量: 52371.547 Da / 分子数: 6 / 断片: Middle and C-terminal domain, UNP residues 293-732 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AA1, HSP90A, HSPC1, HSPCA / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07900
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.04M Tris-sodium citrate, 0.04 mM cisplatin, pH 5.4-5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 5.4-5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→30 Å / Num. all: 83280 / Num. obs: 82281 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 3.05→3.16 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
CNS	1.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q6M

3q6m

解像度: 3.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 37.284 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.38 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25921	4017	5 %	RANDOM
R_work	0.20447	-	-	-
obs	0.20721	76434	98.69 %	-
all	-	77861	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.835 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17827	0	30	277	18134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	18146
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.978	24363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.54	5	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.234	24.893	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.651	15	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.735	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	10750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.339	2	17455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.565	3	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.882	4.5	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.128 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	305	-
R_work	0.274	5580	-
obs	-	-	99.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6621	1.1749	2.3316	1.9262	-0.61	5.6594	-0.0432	-0.2022	0.6475	-0.1918	-0.1873	0.1134	-0.1261	0.5026	0.2305	0.6488	-0.124	-0.1644	1.1098	-0.1694	0.5791	-53.576	27.997	35.877
2	5.7744	0.1251	0.0306	3.3505	-0.6378	2.7053	-0.1404	-0.641	-0.096	0.1173	0.0584	-0.2123	0.2141	0.0845	0.082	0.6351	0.1244	-0.0141	1.0905	0.0563	0.4921	-36.872	-28.208	11.269
3	3.226	-0.6361	-0.4044	1.7035	1.141	6.6415	-0.3583	0.3711	-0.2786	-0.0089	-0.1862	-0.1211	0.3152	-0.0103	0.5445	0.6672	-0.0233	0.0367	1.163	-0.2475	0.4817	-52.599	-27.884	34.893
4	3.1452	-1.5511	-0.0154	2.5577	-1.6811	7.3386	-0.2069	0.2599	0.5116	-0.1153	0.0348	-0.0627	-0.1538	-0.1667	0.1721	0.6657	0.0068	-0.1407	0.9995	0.1083	0.589	-25.59	27.575	33.357
5	3.4971	1.4096	-0.1495	3.8431	-1.0471	5.2565	0.1067	0.0758	-0.3173	0.1656	0.1744	0.1575	0.2489	-0.128	-0.2811	0.7795	-0.0058	-0.1102	0.8234	0.0763	0.6255	-24.54	-27.496	38.189
6	5.256	-0.0722	0.3184	3.314	1.0601	2.7955	-0.1503	-0.312	0.3444	0.1876	0.0864	0.1412	-0.0478	-0.0493	0.0639	0.7814	0.0644	-0.1454	0.8361	0.029	0.5559	-42.044	27.339	9.882
7	17.4677	5.758	10.7585	2.3889	-0.5318	7.4646	0.4954	-0.5478	-0.9193	-0.505	-0.2535	-0.453	0.2285	-0.0086	-0.2419	0.4824	0.0052	-0.3014	1.1668	-0.0894	0.7102	-50.851	16.865	40.026
8	9.8016	-2.5424	5.6383	3.3787	-1.4517	6.2531	-0.2275	-0.6425	0.7975	0.4578	0.0215	0.0332	-0.4018	0.0739	0.206	0.6239	0.0323	-0.1612	1.0762	-0.1374	0.6769	-32.598	-16.594	12.483
9	-3.815	-2.8935	-1.4863	7.523	3.6734	35.7082	-0.2217	0.3119	0.5009	-0.1752	-1.1278	-1.1362	-1.4117	-0.3878	1.3494	0.7696	0.1337	0.018	1.3248	0.0841	0.1698	-54.768	-16.733	30.535
10	2.5836	-1.3738	2.7839	2.3616	-3.7786	17.8235	0.0223	0.1789	-0.1785	-0.4432	-0.443	0.4755	1.1851	0.0979	0.4207	0.9324	-0.0203	-0.1645	1.0312	-0.0095	0.4211	-24.002	16.187	28.861
11	15.3873	4.3006	-7.0365	3.3371	0.4601	2.1496	0.2751	-0.6427	0.788	-0.3863	-0.135	0.2042	-0.2714	0.1872	-0.1401	0.7242	0.0533	-0.1028	0.9192	0.0919	0.7185	-27.255	-15.309	40.757
12	15.5082	0.8051	-8.007	3.0708	3.264	4.5816	0.0421	-0.1535	-0.6775	0.3603	-0.1604	-0.016	0.3059	-0.1004	0.1183	0.8264	0.0283	-0.0714	0.8509	0.1534	0.6282	-46.576	15.78	10.941
13	5.7039	1.9819	2.7349	-0.6839	0.9371	2.8	0.1939	-0.4407	0.1227	-0.0698	-0.1462	0.0364	0.1811	-0.0759	-0.0476	0.7778	-0.058	-0.3042	0.8759	-0.0557	0.7512	-78.378	15.629	28.385
14	5.6949	-1.962	2.4896	1.413	-1.1787	2.314	0.0372	0.1936	0.3498	-0.1081	-0.1018	-0.0005	0.1848	0.1933	0.0646	0.65	0.009	-0.0591	0.8769	0.0626	0.6305	-54.812	-15.823	-7.867
15	1.0996	0.0916	-0.4984	0.165	2.3331	7.9584	-0.1316	0.1184	0.022	0.0335	-0.2879	-0.0469	-0.0424	-0.4754	0.4195	0.8691	0.1275	-0.1071	1.0204	-0.0986	0.4565	-59.601	-15.628	59.976
16	0.8273	0.298	0.509	1.1475	-1.9103	7.9346	-0.0872	0.0341	-0.0154	0.021	-0.2902	-0.058	0.1217	0.3529	0.3775	0.7134	0.1003	-0.0988	1.0109	0.069	0.5242	-17.746	15.657	58.448
17	6.2535	2.6956	-3.5365	0.1364	-1.3701	3.0354	0.1345	-0.433	-0.113	-0.1208	-0.1738	-0.0207	-0.0933	0.2859	0.0393	0.7097	0.0203	-0.0206	0.8511	0.1553	0.7942	0.452	-15.116	29.382
18	4.3124	-2.0704	-2.684	1.6957	1.0653	1.8003	-0.0337	0.1703	-0.1863	-0.2148	-0.031	0.0145	-0.1824	-0.0734	0.0647	0.81	-0.0368	-0.0448	0.8802	0.0002	0.6056	-23.502	14.802	-8.693
19	5.4565	0.771	2.7201	2.5019	0.6271	1.2142	0.3995	-0.5191	-0.2622	0.4959	-0.3063	-0.1325	0.3514	-0.2531	-0.0931	0.8313	-0.2472	-0.118	0.9167	0.0044	0.6509	-96.347	-2.179	16.259
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22	2.3971	1.1277	0.0741	2.6512	-1.6189	3.6929	-0.1884	-0.3906	-0.3457	-0.3634	-0.2496	-0.406	0.3419	0.2011	0.438	0.7847	0.2041	-0.0654	0.9996	0.3053	0.6354	-18.55	-2.762	78.833
23	5.9121	0.3004	-2.4306	2.4477	-3.2991	2.177	0.3024	-0.806	-0.1571	0.4647	-0.4089	0.303	-0.7164	0.7485	0.1065	0.6978	-0.2386	-0.0106	1.1324	0.0307	0.657	18.094	2.087	16.165
24	3.1502	-1.9999	-2.9645	2.3484	-0.9478	4.4322	0.0358	0.51	-0.5555	-0.0167	0.1527	0.4986	0.0318	-0.132	-0.1885	0.6997	0.0083	-0.0715	0.9127	-0.2557	0.8151	-5.833	-4.338	-16.374
25	4.1485	0.0442	-0.6137	1.7855	-0.546	2.6641	0.3266	0.1417	0.1835	0.0353	-0.1998	-0.2289	0.5347	-0.099	-0.1269	0.748	-0.0395	-0.1913	0.7734	-0.0236	0.7297	-93.163	-5.094	1.526
26	3.5154	-0.4539	-2.9586	0.7034	-0.347	2.5561	0.5078	0.4384	0.9489	0.0857	-0.3768	-0.3282	-0.0878	-0.3619	-0.131	0.6257	0.1691	-0.0568	0.8989	0.2755	0.9893	-85.016	4.815	-10.353
27	3.2711	-1.1919	-0.4186	0.7191	0.2961	2.7413	-0.1181	-0.1912	0.2961	-0.2272	-0.374	-0.2311	-0.1606	-0.1847	0.4921	0.9861	-0.0318	-0.1307	0.8575	-0.0796	0.5572	-45.584	5.236	86.703
28	4.8929	-0.2678	-1.9197	0.651	0.0231	1.7391	-0.1547	-0.1476	-0.4294	0.1149	-0.462	0.0611	0.4638	0.2536	0.6166	0.9789	0.0653	0.0317	0.892	0.2174	0.6052	-30.645	-4.604	86.462
29	2.7323	1.4729	0.5513	2.153	0.4926	2.1554	0.0692	0.0773	-0.1165	0.0018	0.0287	0.2198	-0.2554	0.2914	-0.098	0.6457	-0.0659	0.0628	0.9436	0.0987	0.732	14.855	4.059	1.628
30	4.069	-0.5779	1.3838	1.5919	0.3594	2.8745	0.2288	0.1889	-0.4929	0.0486	-0.2918	0.0169	0.2491	0.1913	0.063	0.6777	0.1012	0.003	0.869	-0.0609	0.8527	6.325	-6.147	-9.862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	297 - 349
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	297 - 349
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	297 - 349
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	297 - 349
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	297 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	297 - 349
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	360 - 393
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	358 - 394
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	360 - 393
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	360 - 394
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	358 - 394
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	358 - 395
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	407 - 552
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	408 - 552
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	407 - 552
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	407 - 552
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	408 - 552
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	408 - 552
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	553 - 611
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	553 - 611
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	557 - 611
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	556 - 613
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	553 - 611
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	557 - 614
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	631 - 698
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	631 - 698
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	631 - 696
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	631 - 698
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	631 - 697
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	630 - 698

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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