PDB-3q6i: Crystal structure of FabG4 and coenzyme binary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q6i

タイトル

Crystal structure of FabG4 and coenzyme binary complex

要素

3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Ketoreductase / Cytosolic

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / short-chain fatty acid metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / nucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of holoFabG4
著者: Dutta, D. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.

履歴

登録	2011年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q6i.cif.gz	315.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q6i.ent.gz	254 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q6i_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q6i_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3q6i_validation.xml.gz	61.9 KB	表示
CIF形式データ	3q6i_validation.cif.gz	84.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/3q6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3llsS 3m1l S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4fw8-1 3ksq-d 1s63-d 3bfj-10 4moa-d 6sh7-d 4dsj-1 1rdx-d 7k5o-d 6nw2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

B: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

D: 3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.069, 71.027, 92.917
Angle α, β, γ (deg.)	105.020, 97.060, 93.660
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-(Acyl-carrier-protein) reductase / PROBABLE 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER PROTEIN] REDUCTASE FABG4 (3-KETOACYL-ACYL CARRIER PROTEIN REDUCTASE) 分子量: 46101.031 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 17-454 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O53665, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZPG / (2S,5R,8R,11S,14S,17S,21R)-5,8,11,14,17-PENTAMETHYL-4,7,10,13,16,19-HEXAOXADOCOSANE-2,21-DIOL 分子量: 424.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₄O₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.86 % / Mosaicity: 0 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 47% Polypropylene glycol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.589→88.799 Å / Num. all: 45759 / Num. obs: 45759 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.151 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.59-2.73	3.7	0.979	0.842	0.9	23917	6394	0.498	0.979	0.842	1.7	90.7
2.73-2.89	3.9	0.727	0.629	1.2	24863	6298	0.365	0.727	0.629	2.4	95.2
2.89-3.09	3.9	0.456	0.395	1.9	23505	5957	0.229	0.456	0.395	3.7	95.6
3.09-3.34	3.9	0.308	0.266	2.9	21895	5551	0.155	0.308	0.266	5.1	95.9
3.34-3.66	4	0.182	0.157	4.8	20177	5106	0.091	0.182	0.157	8.1	96.5
3.66-4.09	4	0.128	0.111	6.6	18593	4703	0.065	0.128	0.111	10.8	96.8
4.09-4.73	4	0.094	0.081	8.9	16350	4132	0.047	0.094	0.081	14	97.4
4.73-5.79	4	0.092	0.079	8.9	13880	3513	0.046	0.092	0.079	14.2	97.7
5.79-8.19	3.9	0.075	0.065	10.7	10727	2716	0.038	0.075	0.065	16.3	98.1
8.19-19.777	4	0.048	0.042	14	5497	1389	0.024	0.048	0.042	24.1	91.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.76 Å	19.78 Å
Translation	2.76 Å	19.78 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LLS

3lls

解像度: 2.59→19.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 28.312 / SU ML: 0.269 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	2322	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1675	-	-	-
obs	0.1713	45758	95.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.28 Å² / B_iso mean: 42.729 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	-0.99 Å²	-2.47 Å²
2-	-	0.72 Å²	0.16 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12057	0	189	216	12462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	12441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	1.99	16946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.681	5	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.977	23.878	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.271	15	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.626	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.52	1.5	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.965	2	13074
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.701	3	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.799	4.5	3872

LS精密化シェル

解像度: 2.589→2.656 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	147	-
R_work	0.241	2970	-
all	-	3117	-
obs	-	-	87.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3746	-0.0287	-0.0736	1.4878	-0.0084	2.2163	0.0122	-0.2429	-0.0268	0.0577	0.0581	0.0535	0.1415	-0.4211	-0.0703	0.0221	-0.0239	0.0204	0.1314	0.0296	0.0553	1.6143	-0.1586	1.0553
2	1.3416	-0.0224	-0.1599	1.2011	0.0449	2.4139	0.0055	0.0716	0.2204	-0.0293	0.0264	-0.1381	-0.4055	0.447	-0.032	0.079	-0.0831	0.0271	0.1246	0.0035	0.1051	25.1681	16.4008	-12.7235
3	1.8611	-0.1028	0.7268	2.0871	0.1919	1.6331	0.0115	0.1556	0.253	0.0241	0.0643	-0.2903	-0.0703	0.1155	-0.0758	0.0423	0.0382	0.0175	0.1031	-0.0069	0.103	-15.963	-25.4556	30.3527
4	2.1978	0.3688	0.8504	1.8029	0.4094	1.5944	0.2252	-0.1608	-0.4732	0.494	0.032	-0.1492	0.627	-0.1511	-0.2573	0.4258	0.007	-0.1391	0.0418	0.016	0.1304	-20.8813	-55.1233	42.0218

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	20 - 454
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	29 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	29 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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