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- PDB-3q5z: Crystal structure of virulent allele ROP5B pseudokinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5z
タイトルCrystal structure of virulent allele ROP5B pseudokinase domain
要素ROP5B
キーワードTRANSFERASE / pseudokinase / toxoplasma / 551.m00238 / ROP5
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhoptry protein 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Reese, M.L. / Boothroyd, J.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: A conserved non-canonical motif in the pseudoactive site of the ROP5 pseudokinase domain mediates its effect on Toxoplasma virulence.
著者: Reese, M.L. / Boothroyd, J.C.
履歴
登録2010年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROP5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4665
ポリマ－41,2181
非ポリマー2484
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.340, 70.553, 43.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ROP5B


分子量: 41218.145 Da / 分子数: 1 / 断片: Pseudokinase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: RH / 遺伝子: ROP5B;TGGT1_042710 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F2YGR7*PLUS, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GENOMIC SEQUENCE ENCODING THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED IN GENBANK ACCESSION HQ916448.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG-3350, 0.3M Sodium malonate, 0.01M MgCl2, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月6日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 28779 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.012 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.978.30.48625581.18188.7
1.97-2.0510.30.40228111.094198.6
2.05-2.1412.50.33628641.057199.9
2.14-2.2513.80.24728671.073199.9
2.25-2.3914.10.18228830.977199.9
2.39-2.5814.20.13628770.8821100
2.58-2.8414.40.09429131.0621100
2.84-3.2514.60.06129130.9691100
3.25-4.0914.60.04329761.0611100
4.09-5013.80.03231170.886199.6

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→36.727 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2613 1923 6.93 %
Rwork0.2086 --
obs0.2123 27731 95.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.489 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 108.09 Å2 / Biso mean: 42.2784 Å2 / Biso min: 20.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.833 Å20 Å2-0 Å2
2--2.5249 Å2-0 Å2
3----13.3579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 16 160 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0192748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5853722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8331019
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.96330.32591480.26342043219176
1.9633-2.04190.27241710.22122375254689
2.0419-2.13490.26711890.21742529271895
2.1349-2.24740.26741940.20152580277497
2.2474-2.38820.26351970.19662610280797
2.3882-2.57250.27011980.19412645284399
2.5725-2.83130.26862010.19922677287899
2.8313-3.24080.30112020.212627032905100
3.2408-4.08220.23912070.192727622969100
4.0822-36.73350.24962160.220728843100100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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