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- PDB-3q5v: The structure of inorganic pyrophosphatase from Thermococcus Thio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5v
タイトルThe structure of inorganic pyrophosphatase from Thermococcus Thioreducens in complex with magnesium and sulfate
要素Tt-IPPase
キーワードHYDROLASE / Inorganic Pyrophosphatase / Magnesium
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus thioreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.29 Å
データ登録者Hughes, R.C. / Coates, L. / Meehan, E.J. / Ng, J.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of inorganic pyrophosphatase from Thermococcus Thioreducens in complex with magnesium and sulfate
著者: Hughes, R.C. / Coates, L. / Meehan, E.J. / Ng, J.D.
履歴
登録2010年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tt-IPPase
B: Tt-IPPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,22012
ポリマ－41,7622
非ポリマー45810
水11,061614
1
A: Tt-IPPase
B: Tt-IPPase
ヘテロ分子

A: Tt-IPPase
B: Tt-IPPase
ヘテロ分子

A: Tt-IPPase
B: Tt-IPPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,66036
ポリマ－125,2856
非ポリマー1,37530
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19960 Å2
ΔGint-407 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.490, 114.490, 148.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-263-

HOH

21A-267-

HOH

31A-305-

HOH

41A-413-

HOH

51A-525-

HOH

61A-536-

HOH

71B-256-

HOH

81B-257-

HOH

91B-323-

HOH

101B-474-

HOH

111B-582-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tt-IPPase


分子量: 20880.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌)
株: OGL-20 / 遺伝子: Tt-IPPase / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta2 / 参照: UniProt: H2L2L6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: Tris, Bicine, NaCl, magnesium sulfate, PEG MME 550, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.7 % / Av σ(I) over netI: 30.26 / 数: 738436 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.35 / D res high: 1.26 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 85157 / % possible obs: 84.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
2.715099.410.0511.03310.9
2.152.7110010.051.37111.6
1.882.1510010.0591.60911.6
1.711.8810010.0691.33711.5
1.591.7110010.0961.50911.4
1.491.5999.610.1281.3047.7
1.421.4995.810.1741.1814.8
1.361.4281.910.2231.2183.2
1.311.3653.510.2621.2612.1
1.261.3114.610.2561.1141.4
反射解像度: 1.26→50 Å / Num. all: 100777 / Num. obs: 85157 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.26-1.311.40.256114.6
1.31-1.362.10.262153.5
1.36-1.423.20.223181.9
1.42-1.494.80.174195.8
1.49-1.597.70.128199.6
1.59-1.7111.40.0961100
1.71-1.8811.50.0691100
1.88-2.1511.60.0591100
2.15-2.7111.60.051100
2.71-5010.90.051199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.52 Å49.53 Å
Translation1.52 Å49.53 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UDE

1ude


解像度: 1.29→47.028 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1552 4158 5.04 %
Rwork0.1202 --
obs0.1219 82573 88.07 %
all-85618 -
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.239 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6215 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.6215 Å20 Å2
3----5.9651 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.29→47.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 22 614 3564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3514931
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4521442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.29-1.33610.25051610.19543150X-RAY DIFFRACTION36
1.3361-1.38960.19093220.13955816X-RAY DIFFRACTION66
1.3896-1.45290.16154040.11587616X-RAY DIFFRACTION86
1.4529-1.52950.14784560.09118416X-RAY DIFFRACTION95
1.5295-1.62530.12054420.08498733X-RAY DIFFRACTION99
1.6253-1.75080.13224800.09338844X-RAY DIFFRACTION99
1.7508-1.9270.14444540.10548873X-RAY DIFFRACTION100
1.927-2.20580.15444760.128911X-RAY DIFFRACTION100
2.2058-2.77910.15754970.12688933X-RAY DIFFRACTION100
2.7791-47.05880.16454660.13589123X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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