PDB-3q5t: V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q5t

タイトル

V beta/V beta homodimerization-based pre-TCR model suggested by TCR beta crystal structures

要素

TCR N30 beta

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG / T cell receptor / antigen peptide/MHC / membrane

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Chen, Q. / Zhang, H. / Wang, J.-H.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2011
タイトル: A conserved hydrophobic patch on V beta domains revealed by TCR beta chain crystal structures: Implications for pre-TCR dimerization.
著者: Zhou, B. / Chen, Q. / Mallis, R.J. / Zhang, H. / Liu, J.H. / Reinherz, E.L. / Wang, J.H.

履歴

登録	2010年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年10月15日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q5t.cif.gz	105.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q5t.ent.gz	87.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q5t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q5t_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q5t_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	3q5t_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	3q5t_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/3q5t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q5yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o9q-d 6iau-d 5vim-d 4d50-d 1oqu-2 1och-d 1kgp-2 2pm9-d 3o8j-1 1kgp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TCR N30 beta

27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TCR N30 beta

登録者が定義した集合体
54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.290, 69.829, 126.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-270- HOH

#1: タンパク質	TCR N30 beta 分子量: 26981.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20 % PEG 4000, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. all: 16208 / Num. obs: 16199 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.005→19.047 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2898	813	5.02 %
R_work	0.2351	-	-
obs	0.2375	16199	99.7 %
all	-	16247	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.651 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.5227 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	23.685 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-12.1623 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.005→19.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1881	0	0	33	1914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	2632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.856	1174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0049-2.1303	0.4179	152	0.3327	2484	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1303-2.2946	0.3373	116	0.2934	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2946-2.525	0.3348	162	0.2831	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.525-2.8893	0.3706	137	0.268	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8893-3.6361	0.3403	119	0.2414	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6361-19.0483	0.2083	127	0.198	2683	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1633	1.3088	-1.0523	0.5468	-1.272	1.9172	0.3617	-0.2376	0.2331	0.0968	-0.0516	0.1858	-0.1777	0.201	-0.1865	0.243	0.0181	0.0859	0.3699	0.0558	0.3483	-6.6153	23.6388	80.3759
2	2.1742	-0.5472	-3.2111	3.0317	3.2879	6.9533	0.6164	0.5943	-0.1594	-0.079	-0.4558	0.0668	-0.0033	-1.4925	-0.0723	0.2862	-0.0945	-0.0071	0.4622	0.044	0.2856	-14.0417	14.67	85.7898
3	1.6055	0.767	-3.7496	2.1273	-1.1441	4.6393	0.6141	-0.2207	0.0328	0.1436	0.0174	0.3707	-0.1193	-0.0597	-0.4042	0.1463	-0.0238	0.0612	0.3698	0.0837	0.2604	-10.3934	18.262	85.7745
4	2.3465	0.8431	-1.3852	1.2268	-1.384	1.9229	-0.0837	0.174	-0.1785	-0.3671	0.0115	-0.0754	0.5874	0.2986	0.1554	0.3787	0.1035	0.0373	0.2623	-0.1602	0.3047	4.573	21.6122	56.3593
5	1.148	-0.7817	-0.03	0.7561	-2.017	4.186	-0.2457	-0.037	-0.1391	-0.2095	0.1063	0.1162	0.4767	0.2398	0.1153	0.3088	0.0075	0.016	0.1733	0.0145	0.2449	3.8475	26.2217	59.9382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	resid 3:35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	resid 36:58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	resid 59:109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	resid 110:147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	resid 148:240

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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