+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q5c | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of four-way junction with sticky end | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Sticky end | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N. | ![]() ![]() タイトル: The sequence d(CGGCGGCCGC) self-assembles into a two dimensional rhombic DNA lattice 著者: Venkadesh, S. / Mandal, P.K. / Gautham, N. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 20.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 389.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 400.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1p4yS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3046.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.65 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1mM DNA, 50mM Cacodylate buffer, 50mM CaCl2, 1mM spermine, 50% MPD in Reservior, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→36.8 Å / Num. all: 3708 / Num. obs: 3490 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 3.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 535 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 93.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1P4Y 解像度: 2.501→29.357 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: Throught / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 41.02 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.602 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.6479 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.501→29.357 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|